Uma década depois da destruição dos clãs ninjas de Kouga e Iga, apenas dois sobreviventes permaneceram da vila oculta. Mas o destino ainda reserva surpresas para os ninjas...

Hachirou quer deixar a vila ninja e começar uma nova vida. Ele e Hibiki estão destinados a nunca ficar juntos e ele teme seus poderes.

Uma força maligna ascende das sombras enquanto atacam os Cinco Tesouros. Ele realmente é um ninja?

O assassinato dos Kouga e Iga continua e agora os Joujinshuu envolveram os Cinco Flores. O que eles são e o que querem?

Os Joujinshuu continuam atacando os ninjas e Hachirou é obrigado a entrar na briga.

Muitos anos se passaram. Os ninjas sobreviventes estão escondidos e Hachirou desapareceu. Os Joujinshuu parecem ter sumido. Será que esses dias de paz prevalecerão?

Assim que o castelo negro surge nas florestas, próximo à casa de chá, Hachirou é chamado para conversar com Tadanaga. Nesta ocasião, ele sabe de toda a verdade sobre o incidente de quatro anos atrás.

Os ninjas se preparam para a tempestade de Murakumo enquanto Hachirou escapa das armadilhas preparadas por Suruga!

Hachirou está determinado a acabar com Joujin e seus seguidores, mas seu inimigo tem planos mais intensos do que se pode imaginar.

O daimyo local arma um ataque ao castelo de Murakumo. Sem sucesso, Tenkai considera que somente ninjas conseguiriam acabar com aquele local...

Quando os ninjas estavam se preparando para atacar o castelo Murakumo, a armadura de Shikibu acaba se quebrando. Gorone e alguns ninjas permanecem para reconstrui-la, mas a separação do grupo cria a situação ideal para os inimigos.

Utsutsu relembra sobre como adquiriu sua técnica de ilusão enquanto o ataque ao castelo continua.

Hadaebou infiltra-se no castelo de Murakumo, enquanto Hachirou enfrenta Joujin sem usar sua técnica ocular. Nesse meio tempo, os demais ninjas continuam tentando derrubar o castelo misterioso.

O castelo Murakumo sumiu e aparentemente os Joujinshuu desapareceram também. Os ninjas retornam às suas rotinas, mas será que realmente a paz retornou?

Murakumo ressurge! Agora o castelo é móvel e está lentamente indo em direção à Edo. Os ninjas tentem invadi-lo, enquanto Hachirou enfrenta outros problemas.

O servo de Tenkai invade Murakumo com uma missão: trazer Suruga-sama de volta; caso isso dê errado...

A tentativa de Hadaebou de resgatar Suruga-sama não vai como o planejado. Enquanto isso, Hachirou reúne-se com seus companheiros ninja, em prol de uma única pessoa: Hibiki.

Hachirou finalmente chega a Joujin, mas recuperar Hibiki não será nada fácil...

Os ninjas começam aos poucos a entrar em Murakumo e começam a enfrentar problemas piores do que imaginavam. Enquanto isso, Hachirou precisa encontrar uma forma de libertar Hibiki e acabar com Joujin.

Os jovens ninjas vão adentrando Murakumo, enfrentando os aliados de Joujin. No meio de toda essa batalha, Hachirou precisa encontrar uma forma de conseguir derrotar o líder dos Joujinshuu sem prejudicar Hibiki.

Em meio à resistência, Joujin se vê forçado a derramar o sangue de Hibiki e Hachirou por si mesmo, porém é surpreendido por um aliado.

Nobunaga revive e mostra a que veio. Os ninjas restantes lutam para parar o Rei Demônio do Sexto Paraíso e, no processo, algo que deveria ser impossível acontece.

O destino de Edo está nas mãos de Hibiki e Hachirou, que precisam acabar com os Joujinshuuu para que a paz reine. Qual será o resultado desta batalha final?