En el castillo de Suruga, el hermano y rival de Iemitsu,Tadanagase va a Edo a visitar a su madre moribunda. Mientras tanto, en el remoto pueblo de Jison'in en la montaña Takano en la tierra de Kii, los niños ninja jóvenes Iga y Kouga, Rui, Shikibu Kora, Hachirou, Hachisu, Utsutsu, Saizou Ishi y Namenba juegan un juego mortal deninpouCuando Utsutsu interfiere en la práctica del maestro Kazuma Kusanagi, él la cuelga de un árbol, pero Hachirou la libera. Gei'in y los otros maestros, Tenshin y Kasou llegan y Gei'in reprende a Kazuma por su determinación en el entrenamiento diciendo que deben proteger las líneas de sangre de los clanes ninja Kouga e Iga llevados por Hachirou Kouga y Hibiki Iga. De camino a Edo, Tadanaga y sus hombres son detenidos por el embravecido río Ooi en Tootoumi.

Fuera de la aldea de Jison'in, los estudiantes ninja se enfrentan a la ilusión física de una bestia enorme, oscura y poderosa montada en un elefante. Por seguridad, Gorone lleva a Hachiro y Hibiki a un túnel secreto en la montaña para esconderse mientras se resuelve la situación. Utsutsu y Shaizou intentan derrotar al controlador del monstruo, Neiri Chiou, pero sus ilusiones son demasiado poderosas. Mientras tanto, Hachisu y Shikibu abordan al monstruo y logran engañarlo para que caiga por un acantilado, pero su victoria es de corta duración. Rui y Shichigen también intentan atacar a Neiri Chiou y al monstruo pero fallan. Mientras tanto, Hachiro sale del túnel, dejando atrás a Hibiki. Contrarresta la técnica de Neiri Chiou con su Dojutsu, por lo que Joujin lo recuerda. Hachiro descubre que Joujin no se ve afectado por su técnica Dojutsu debido a su condicionamiento de autocontrol.

En los primeros días de entrenamiento, los jóvenes ninja practican, pero Gorone Negoro les recuerda que no luchan por Kouga ni por Iga, sino por sus líderes. También aprenden sobre los poderes de Hibiki y Hachirou. De vuelta en el río Ooi, Gei'in y Kaso salen corriendo a buscar a Kazuma y lo encuentran atado a una rueda de agua y asesinado por su propia Heaven's Lyre. Se encuentran con el asesino, pero cuando Kaso lo ataca, sus propias llamas Grass Fire lo consumen. Él revela que su nombre es Kujaku Tsuibamu, uno de los Joujinshuu, enemigos tanto de los Cinco Tesoros de Kouga como de las Cinco Flores de Iga que están destinados a morir esa noche. Mientras habla, Gei'in envía su calamar luciérnaga venenoso debajo de Kujaku Tsuibamu, pero lo evita, e incluso cuando envía una ráfaga de veneno hacia él, regresa a su cuerpo y lo mata.

Esa noche, el ninja Iga Tsuta Houetsu se encuentra con una mujer Joujinshuu que amenaza con matarlo, pero él confía en su barrera defensiva. Ella revela que su nombre es Yasha Itaru cuando él usa su técnica Root Lasoo para atarla, sin embargo, comete el error de mirarse en su espejo, Destiny's Passage, que refleja su vida, llenándolo de desesperación y obligándolo a saltar de un acantilado a su muerte. . De vuelta en el río Ooi, Joujin llama a sus asistentes, Kujaku Tsuibamu y Rinne Magoroku, quienes usan una técnica giratoria para transportar a Tadanaga a Akayashagaruba antes del Kokuuzou Bosatsu o Torre Adamantita. Mientras tanto, el ninja Iga busca a Houestsu y se encuentra con el Joujinshuu, Neiri Chiou. Tadanaga se encuentra retrocediendo en el tiempo a través de la alabarda del tiempo invertida de Kujaku Tsuibamu, cuando su hermano estaba enfermo de viruela y envidiaba la buena salud de su hermano.

Fuera de la aldea de Jison'in, los estudiantes ninja se enfrentan a la ilusión física de una bestia enorme, oscura y poderosa montada en un elefante. Por seguridad, Gorone lleva a Hachiro y Hibiki a un túnel secreto en la montaña para esconderse mientras se resuelve la situación. Utsutsu y Shaizou intentan derrotar al controlador del monstruo, Neiri Chiou, pero sus ilusiones son demasiado poderosas. Mientras tanto, Hachisu y Shikibu abordan al monstruo y logran engañarlo para que caiga por un acantilado, pero su victoria es de corta duración. Rui y Shichigen también intentan atacar a Neiri Chiou y al monstruo pero fallan. Mientras tanto, Hachiro sale del túnel, dejando atrás a Hibiki.

En 1630, cuatro años después, en el castillo de Edo, Tokugawa Hidetada despoja a Tadanaga de sus tierras y privilegios por matar monos en el Santuario Sengen en Suruga. Más tarde ese año, Hidetada fallece a causa de una enfermedad y su funeral se lleva a cabo en secreto de acuerdo con sus deseos. Un año después, Tadanaga se exilia en el castillo de Takasaki en la lejana tierra de Joushuu (provincia de Kōzuke). Varios años después, los jóvenes ninjas han crecido mientras continúan su entrenamiento en preparación para el día en que reaparecen sus enemigos. No han visto a Hachiro desde la batalla con Joujin y sus agentes, aunque desde que se fue, Hibiki ha sido consciente de su presencia. Mientras tanto, Hachiro también ha perfeccionado sus habilidades, en preparación para enfrentarse nuevamente a Joujin.

Namenba se infiltra en el castillo de Edo para hablar con el shogun. Es interceptada por Iga Kurokuwa, pero aunque los mata a todos, sospecha que alguien la ayudó. Ella gotea una poción de la verdad en la boca del shogun durmiente y lo interroga. Ella descubre que él no sabe nada sobre Joujin, quien parece estar actuando sin la autoridad del shogun. Mientras escapa, se encuentra con Hadaebou, quien era su misterioso aliado. En la aldea de Jison'in, las chicas ninja discuten sobre el oscuro castillo en movimiento o houren (鳳輦,carruaje imperialque Hibiki cree que está transportando el Joujinshuu. En el castillo de Takasaki, Tadanaga le cuenta a Hachiro sobre su encuentro con Joujin hace 6 años y el poder que mostró. Tadanaga dice que Joujin lo engañó para que matara a los monos en el Santuario Sengen y luego construyó el Murakumo con el dinero que le dio a Joujin para construir un carruaje imperial en memoria de su madre.

En un flashback de 18 años antes en el castillo de Edo, se ve a Tenkai proponiendo un duelo ninja al shogun para resolver su sucesión y salvar una costosa guerra entre samuráis opuestos. En el presente, el comandante de Tadanaga, Bunnoshin, se prepara para atrapar a Hachiro, primero por un grupo de arqueros comandados por un hombre con oído sensible que puede dirigir sus flechas para evitar la técnica Dojutsu de Hachiro. Sin embargo, un vuelo de grillos enviado por Shichigen lo distrae, lo que le permite a Hachiro usar su Dojutsu para destruirlos a todos. La siguiente trampa usa fusileros comandados por el maestro tirador Gorouza the Hawk, pero Shikibu primero embosca a los fusileros, y Hachiro luego mata al resto. Gorouza se prepara para dispararle a Hachiro, pero las pompas de jabón que sopló para mostrar la dirección del viento le permiten a Hachiro volver a usar su Dojutsu y Gorouza se dispara a sí mismo.

Joujin le dice a Tadanaga que podría convertirse en un dios como el samurái Oda Kazusanosuke Nobunaga. Utsutsu y Rui continúan la lucha contra los luchadores Rain que los persiguen, pero son superados en número, sin embargo, sus camaradas ninja y Namemba aparecen y los ayudan. De vuelta en la aldea, Gorone examina el boceto de Utsutsu del Murakumo mientras Namemba le cuenta sobre su conversación con el monje, Nankoubou Tenkai, el consejero de mayor confianza de Lord Ieyasu, quien pidió la ayuda del ninja para derrotar al enemigo común, el Joujinshuu. Los ninjas se reagrupan en su café y se enteran de la reunión de Hachiro con Tadanaga y su intención de luchar solo.

Hace diecisiete años, en el vigésimo año de la Era Keichou, en Osaka, durante la Campaña de verano, la criada Otashi le revela a Senhime que en realidad es Namemba, una ninja de Iga. En el presente en el castillo de Edo, Tenkai está tratando de encontrar a Tadanaga y llama a Hadaebou. Hadaebou viaja a la aldea de Jison'in y pide la ayuda del ninja para derrotar a Joujin y Murakumo, pero son reacios a involucrarse. Mientras tanto, los Kishuu se preparan para atacar a Murakumo con cañones, pero Joujin le asegura a Tadanaga que están bien defendidos. Abre fuego con sus propios cañones, eliminando por completo a las fuerzas de Kishuu. De vuelta en la Era Keichou, Senhime se revela como la esposa de Hideyori y nieta de Tokugawa Ieyasu. Nambemba escapa con ella, dejándola para que Sakazaki Naomori la encuentre y la rescate.

Mientras Shikibu Kora está siendo equipado para una nueva armadura, Gorone explica que debe moverse como un rinoceronte, deambulando en una sola dirección. De repente, los ninjas detectan que tienen intrusos y Hachisu va a interceptarlos. Ella dispara a dos de ellos, pero el tercero, un hombre enorme tuerto envuelto en vendas rotas no se ve afectado por sus balas y logra acorralarla. Shikibu llega y lo agarra, pero tiene las mismas habilidades de fuerza que Shikibu y obliga a Shikibu y Hachisu a caer en una grieta rocosa. En un flashback, se muestra a Shikibu como un niño, envuelto en vendas cuando un sacerdote le dice su destino, que deambule solo y sin amigos. Mientras Hibiki sale de la aldea, llevando un nuevo conjunto de armadura para Shikibu, Shikibu sufre el dolor de su propio cuerpo desprotegido cuando estalla en pedazos de su armadura restante. Hachisu se quita la ropa y lo envuelve para aliviar el dolor, recordándole que su trabajo es proteger a sus líderes.

Los cuatro ninja, Rui, Shichigen, Shaizou y Utsutsu, se van para implementar el plan de Gorone para destruir a Murakumo. Poco tiempo después, Hachisu y Shikibu regresan al pueblo. Los cuatro ninjas se acercan a Murakumo en bote y Rui y Shichigen se preparan para enfrentarse a los luchadores Rain defensores. En un flashback, el joven Shichigen recuerda cómo empezó a controlar insectos. Fuera del Murakumo, Rui distrae a un grupo de Rain mientras Shichigen los derriba. Sin embargo, es una trampa y reciben un fuerte fuego de rifle de Rain y Shichigen recibe un disparo en el muslo. Mientras tanto, Hibiki, Hachisu y el Shikibu armado abandonan el pueblo para seguirlos. Rodeado por la lluvia, Rui y Shichigen se encuentran con Hachiro.

Rui y Shichigen se separan de Hachiro y luego disparan una bengala para pedir ayuda a los demás. Cuando Shaizou y Utsutsu acuden en su ayuda, también están rodeados por Rain. Utsutsu usa su técnica Dreaming Reality, pero uno de los Rain lanza una bomba de humo, neutralizando el efecto de sus ilusiones. Shaizou luego usa sus ojos para difundir sus ilusiones, consumiendo la Lluvia con miedo, pero también efectuándose a sí mismo. En un flashback, la joven Utsutsu pasa la mitad de su tiempo en una habitación dominada por un enorme mandala pintado que representa el infierno, que su padre explica que es para desarrollar su técnica ninja Dreaming Reality. El día que debe dominar la técnica o morir, su padre se quema hasta morir ante ella, dejándola con un recuerdo horrible para siempre.

Hachiro ataca a Joujin y Hadaebou aprovecha la oportunidad para continuar con su misión. Joujin derrota fácilmente a Hachiro, pero luego, sorprendentemente, envaina su espada. El grupo de ninjas se reagrupa y Shaizou intenta analizar la técnica de la alabarda del tiempo invertida de Kujaku disparando balas de cañón de prueba al Murakumo. Hadaebou logra entrar en Murakumo, pero se da cuenta de que Tadanaga no tiene intención de regresar y se ha aliado por completo con Joijin. Mientras tanto, Joijin intenta convencer a Hachiro de que se una a él, pero Hachiro se niega y luego escapa cuando Hibiki y Shikibu crean una distracción. Joijin llama a Kujaku para que dispare sus cañones Shiroku a los ninjas, lo que provoca un desplazamiento masivo de la tierra. Hachiro agarra a Hibiki, y cuando sus ojos se encuentran, nuevamente crean una poderosa vorágine de luz, la Ouka.

En Edo, Tenkai recibe crédito por la destrucción de Murakumo, sin mencionar a los ninjas. Aunque el Murakumo explotó, Gorone sospecha de su destino ya que no quedaron escombros. Los ninjas vuelven a operar su café pero mantienen una vigilancia por el Joujinshuu. Mientras camina, Shichigen ve visiones de él y sus padres en el pasado, pero es el trabajo combinado de Joujinshuu. En Kyoto, Hachiro busca el antiguo pueblo de Kamagawa y le dicen que el fantasma de Nobunaga ha sido visto allí. Mientras tanto, Hibiki tiene una visión creada por Joujin en la que Hachiro le profesa su amor. Ella se va bajo la influencia de Neiri Chiou, inmovilizando a los Iga que la siguen. Mientras tanto, Hachiro se encuentra con Kujaku, quien lo desafía.

Namemba y Hachisu ven a Hibiki siendo llevado al nuevo Murakumo por los Joujinshuu. Hachisu ataca a los vigías de Rain para acercarse, se sorprende al ser asistida por Hadaebou. De vuelta en el pueblo, Hachisu, Rui, Utsutsu y Namemba planean rescatar a Hibiki. En un momento de tranquilidad durante los preparativos, Gorone y Namemba recuerdan su primer encuentro. Más tarde, Namemba y Hachisu colocan explosivos en el camino de Murakumo para detenerlo, pero son ineficaces. Nuevamente se encuentran con Hadaebou, y esta vez Namemba y Hachisu aceptan de mala gana trabajar con él. En otra parte, Hachiro se encuentra con Itaru, quien logra atraparlo dentro del espejo del Pasaje del Destino.

Hibiki se da cuenta de que la mujer que ve es su madre Oboro, quien culpa a Kouga Gennosuke por su destino. En un descanso de la lucha contra Rain, Rui sorprendentemente le dice a Utsutsu que la ama.

El ninja celebra un funeral por Gorone, luego Hachiro entra en Murakumo mientras los demás se preparan para rescatar a Hibiki. Shaizou envía sus ojos para observar, pero accidentalmente ve el espejo del Pasaje del Destino de Yasha Itaru y se remonta a cuando era un niño y ayudaba a su padre a hacer trampa en las cartas. Dentro del Murakumo, Joujin describe su propuesta de paz a Hachiro, admitiendo que habrá bajas entre los inocentes y los culpables con la llegada del Rey Demonio Lord Nobunaga.

Shikibu y Hachisu atacan a Murakumo en un asalto frontal, mientras que en el interior, Hachiro lucha contra Hibiki, que está siendo controlado por Joujin. Hachiro, indefenso, deja que Hibiki lo ataque y la detiene, pero, convencida por Joijin de que ella es Oboro, lo llama Gennosuke. Luego, Rinne Magoroku intenta usar su Torre Adamantita para controlar a Hachiro. Mientras tanto, Shichigen, Rui y Utsutsu viajan a través del Murakumo. Shichigen se encuentra con Yasha Itaru, quien usa su espejo Pasaje del destino para crear la ilusión de que ella es su madre. Controlado por Itaru, Shichigen luego ataca y corta a Shikibu y Hachisu con su espada antes de que puedan defenderse.

Rui y Utsutsu encuentran a Neiri Chiou, y Rei logra apuñalarlo. Sin embargo, después de que se van, su cuerpo se cura solo y lo encuentran de nuevo, con su dios demonio mostrando las heridas que Neiri Chiou sufrió. Luego conocen a Shichigen, que está siendo controlado por Itaru. Mientras tanto, Namemba regresa a Murakumo con explosivos y se encuentra con Hadaebou, quien se ofrece a ayudarla. En el interior, Shichigen, bajo el control de Itaru, ataca a Rui y Utsutsu, pero Rui logra alcanzarlo y se apuñala con su katana, que simultáneamente hace lo mismo con Neiri Chiou. Utsutsu luego corta la cabeza del viejo Joujinshuu.

Joujin se prepara para matar tanto a Hachiro como a Hibiki, mientras que Rui y Utsutsu yacen moribundos en la escalera gigante. Hadaebou ataca a Kujaku mientras que Hachiro ataca a Joujin. De repente, las ilusiones creadas por Rui y Utsutsu confunden a Joukin y lo abren al ataque de Hibiki. Herido, Joujin avanza hacia Hibiki, solo para ser apuñalado por detrás por Kujaku. Kukaku recuerda en 1582 cuando fue llamado Ranmaru, cuando el complejo de su maestro Nobunaga se incendió, Nobunaga le dio el nombre de Kujaku y le pidió que siguiera viviendo para mantener vivo su sueño de conquista. Kujaku todavía sirve a su maestro original, y cuando la sangre de Joujin cae sobre el cráneo de Nobunaga, Kujaku la coloca sobre el cuerpo de Tadanaga y Nobunaga resucita.

Nobunaga ataca a Hachiro, y durante la pelea de espadas, Hachiro usa su Ouka. Nobunaga se apuñala a sí mismo, pero no hay sangre y no muere. Namemba salta en su ayuda, envolviendo a Nobunaga en una tela y provocando una explosión, pero a costa de su propia vida. A medida que se disipa el humo, Nobunaga parece seguir vivo, pero la conciencia de Tadanaga lucha contra él por el control del cuerpo y se corta la cabeza para finalmente frustrar los planes de Nobunaga. Mientras Hachiro y Hibiki huyen, Kujaku usa su última energía para aplastar su alabarda invertida del tiempo, pero Rinne Magoroku usa su torre de adamantita para contrarrestar el efecto, lo que hace que los tres queden atrapados en un espacio atemporal. Rinne todavía quiere venganza y ataca a Hachiro con sus espadas gemelas, pero Hachiro logra derrotarlo.

En el mundo alternativo, Hachiro y Hibiki derrotan fácilmente a Joujinshuu porque ya conocen sus técnicas, dejando solo a Joujin en pie. Usan su Ouka para derrotar a Joujin y Hachiro lo mata. Hachiro planea dejar a Hibiki, pero ella se corta los ojos, por lo que se quedará con ella. Sin embargo, Joujin no está muerto, sobreviviendo gracias al poder de Tenzen dentro de él. Joujin corta a Hachiro, pero Hachiro logra usar su Ouka para despertar el odio de Tenzen por Hachiro y obligar a Joujin a suicidarse antes de que Hachiro muera. Algún tiempo después, el ciego Hibiki está presente en los primeros días de entrenamiento del joven ninja Iga. Joujin reaparece, resucitado nuevamente por Tenzen, y propone violar a Hibiki para que sus líneas de sangre se fusionen y continúen.