时值宽永，天下太平。在“慈尊院村”锻炼的忍者之中，有一对绽放异彩的少年少女。他们就是甲贺八郎、伊贺响―他们是一对虽为兄妹但注定要结为夫妻的年轻栋梁―响似乎接受了这一事实，然而八郎却……

遭遇贼人袭击的德川忠长，被精锐“甲贺五宝连”所救。然而，他们的栋梁八郎却没有出现。八郎打算偷偷地离开村子。因为他害怕自己和响的瞳术交织在一起所导致的“某种现象”再次发生……

成寻众当中的一人孔雀啄突然现身。甲贺五宝连等人纷纷被他那超乎人类想象的绝技所蹂躏。最后只剩下了七斗鲸饮这位年老多智的甲贺忍者，他想出了一条计策死里求生。

成寻众前来袭击村子。为了保护两人的“血脉”，年轻的忍者们一边隐藏八郎和响不被发现一边应战，然而他们却根本无力反抗…。在危急关头赶到的八郎和响，当两个人的感情都达到亢奋状态时，便引发了那一招“樱花”。

时光飞逝，转寝、才蔵、式部、七弦、滑婆、莲、泪、现、以及响成为新五宝连、新五花撰的年轻忍者们为了防备成寻众再次袭来，心怀各自的想法，不懈地努力进行修行。然而，其中却没有八郎的身影。

怀疑成寻众与家光存在联系的滑婆，潜入了江户城中，她在那里遇见了一个出人意料的人物。另一边，八郎见到了因谋反罪而被软禁的忠长。在那里，八郎得知因成寻众而起的事态不仅没有平息，甚至变得更加地危急了。

突然出现的巨大城池“丛云”。泪和现尝试进行秘密侦察，靠近丛云。另一边，拒绝了忠长请求的八郎，被迫与忠长的部卒交战。就在此时，新五宝连的成员赶来驰援。面对因为重逢而欣喜不已的五宝连，八郎他……

丛云的防守力量比预想的更为牢固，泪和现好不容易穿过敌军，逃了出来。两个人在河里清洗受伤的身体，并许下了一个秘密的约定。在获得泪和现豁出性命取回来的情报后，才藏控制自己的眼珠飞向了丛云。在那里，他通过眼珠目睹了一幕让人难以置信的光景。

成寻的目的是复活织田上总介信长，令乱世再临。听说了这件事的滑婆，不禁想起了自己曾经经历的凄惨战火中所发生过的一件事。同时心中满怀悲叹。另一边，前往讨伐丛云的纪州藩准备开始进行炮撃。但就在此时……

在执行由转寝制定的丛云爆破作战前，式部的救命之物“犀防具”出现了问题。就在修理犀防具的时候，成寻的手下发动了强袭，式部和莲被一起关在了洞窟里面。在那里，式部吐露出了自己独自一人走到现在的心路历程。

在执行丛云爆破作战的过程中，七弦的腿被子弹击中。接着七弦藏在废屋里面，接受泪的包扎，但是他的伤并不浅。热度袭来，在昏迷的过程中，七弦做了一个梦。那是一个在久远往昔，和温柔的母亲一起旅行的梦。

现和才藏一起行动。才藏的眼珠和现的幻术，两个人将各自的忍法结合在一起，不断送葬敌人。虽然才藏也亲眼目睹了现的幻术，但是他并不知晓……现究竟是出于什么样的“理由”，才能够展现出这样一种地狱。

才藏等人执行的作战，遭到了孔雀的阻拦。才藏想要寻找机会发动逆转的一招，然而……另一边，在作战过程中，八郎再一次见到了成寻。就在八郎陷入苦战的危机中时，响及时赶到了，但就在此时，丛云的炮弹向着两人飞了过来。

丛云消失了。本应重获安宁才对，但却因为没有证据能保证成寻众已经被消灭，因此众人都隐隐有些难以平静的样子。睁眼醒来的响，得知八郎已经离开、不知去了什么地方后，露出了落寞的笑容。但是，某一天晚上，八郎偷偷地回到了响的居室里。

响被抓走了。丛云终于再次现身，并且变成了一座机动城池。新五花撰达等不及新五宝连集结，打算立刻侵入丛云，于是转寝便交给了她们一样东西。滑婆绞尽脑汁想要令丛云停下，就在此时皮肤坊出现在了她的面前，并提出了合作的请求。

八郎从成寻众的其中一人夜叉至那里，得知了响已经被他们抓走的消息。另一边，泪向现吐露了一个事实。正因为是在这种时候才想要告诉你，泪如此说道。因为现让她意识到了，必须趁现在吐露出她年幼时的经历才行。

在皮肤坊的劝说之下，忠长企图谋反的决心再一次动摇了。看见这样的忠长，成寻便告诉了他一个令其痛恨的事实…。另一边，八郎等人在对付成寻众的其中一人涅哩底王时，陷入了苦战。就在穷途末路之际，他们突然听到了一阵驱动音。

八郎独自一人被邀入了丛云内部。剩下的人开始拼命寻找侵入口，它应该就存在于某个位置。就在这时，才藏中了夜叉的招数，他不得不被迫回忆起了自己那充满绝望的过去，同时将刀刃刺向了自己的肚子。

坚信自己是“胧”的响，认定八郎是“弦之介”，并怀着一腔爱憎袭向了他。另一边，现等人虽然侵入了丛云，但式部因为中了陷井而动弹不得。莲打算设法营救式部，但是……

为了让响清醒过来，八郎想出了一条策略。另一边，在丛云内部行进的泪和现，遇见了涅哩底王。在受到转寝的一撃之后本应失去力量的涅哩底王，却满脸从容不迫地说道。你们的对手在你们身后。

成寻渴望获得八郎和响的血液来完成仪式。在一番死斗之后，泪和现拼上自己性命的忍法，再加上响的瞳术，终于击溃了成寻的本愿，本应该如此。然而成寻依旧未死，脸上更是浮现出了游刃有余的笑容。就在此时，粘上了成寻血液的骷髅突然发生了某种变化。

信长终于死而复生。但是，他的复活并不完全，他就像是一只野兽一般凶猛地袭向了八郎他们。不知是否是出于滑婆释放出的炸药的原因，信长突然停下了脚步。在熊熊燃烧的火焰之中，他的意识变得一片恍惚，并且声调开始发生改变。

为了葬送成寻，八郎和响使出了樱花。但是这却导致了令人意想不到的惨案。通过转寝的幻象，八郎和响得知了有关樱花的“真实形态”，响选择舍弃樱花。樱花究竟能否彻底溃灭呢？