Hay un rumor entre las Chicas Mágicas de que si van a Kamihama City, las Chicas Mágicas se salvarán. Iroha piensa que es un poco sospechoso, pero su pareja, Kuroe, le dice a Iroha que ha tenido un sueño con respecto a ese rumor. Entonces Iroha y Kuroe intentan ir a la Kamihama City.

Rena escribió el nombre de Kaede en la escalera del final de la amistad. Kaede se disculpa con Rena, pero es secuestrada por los Chain Monsters, lo que confirma que el rumor sobre la escalera era cierto. Para encontrar a Kaede y traerla de vuelta, Momoko y sus compañeros idean una estrategia para atraer a los Chain Monsters. Yachiyo se ha unido al grupo después de que Momoko le pidiera ayuda. Yachiyo afirma que Iroha obstaculizará la operación y se niega a dejarla participar en la batalla con los Chain Monsters.

Iroha decide investigar los rumores de Kamihama City para encontrar pistas sobre su hermana desaparecida, Ui. Mitama le presenta a Iroha a Tsuruno, la hija del dueño de un restaurante chino llamado Banbanzai. Tsuruno le pide a alguien que esté familiarizado con los rumores que lo ayude a investigar, pero Yachiyo es quien aparece en el lugar de encuentro. Tsuruno dice que Yachiyo está bien informado sobre los rumores de la ciudad de Kamihama. Los tres sospechan que el Santuario Séance puede tener algo que ver con la desaparición de Ui...

Se le pidió a Felicia que se uniera a Wings of the Magius, una organización que trabaja a la sombra de los rumores. Traiciona a Iroha y sus amigos y se une a ellos. Kyoko también es invitada por Wings of the Magius y decide unirse a la organización. Iroha y compañía rastrean a Felicia hasta un canal subterráneo, donde acechan las Wings of the Magius. Cuando el recuento de buena suerte del Lucky Owl Water llega a cero, se dice que quien la haya bebido tendrá una mala suerte inimaginable.

Iroha responde a un remitente desconocido que le ha estado enviando mensajes y preguntándole si es una Chica Mágica. Una vez que se envía el mensaje, Iroha inmediatamente recibe una respuesta suplicando a Iroha que vaya a Endless Solitude para salvar a la chica que está cautiva allí. Cuando Iroha pregunta cómo pudo llegar allí, las cosas de repente toman un giro peligroso...

Iroha y la chica que estaba cautiva dentro del Uwasa de Endless Solitude logran escapar. Alina Gray no está contenta con esto e intenta cobrar el pago que se le debe. Sin embargo, una chica mágica poco probable llega a su rescate. Ahora, con su cuarto Uwasa destruido, ¿cómo procederán las Wings of the Magius?

A medida que Villa Mikazuki se vuelve más animada, Mifuyu le recuerda a Yachiyo los peligros de hacer nuevos amigos debido a lo que les sucedió en el pasado. Yachiyo se aleja del resto de inquilinos mientras los demás parten para visitar la Uwasa del Museo de la Memoria.

Iroha y las otras chicas mágicas finalmente conocen a una de las Wings of the Magius, e Iroha le hace muchas preguntas. Mifuyu les recuerda a las chicas que están aquí para una conferencia que revelará las intenciones del Magius.

Las intenciones de Wings of the Magius han quedado claras, pero algunas Chicas Mágicas no pueden aceptar estos planes. Tomoe Mami defenderá a la Magius, hasta que aparezca alguien que la ha estado buscando...

Madoka y Homura luchan una dura batalla contra la Bruja Líder de su clase. Cuando los esbirros de la Bruja atacan a Madoka, Homura detiene el tiempo y utiliza un arma para ayudarla. Sin embargo, aparece una misteriosa niña que sorprende a Homura y rompe su hechizo para detener el tiempo. Mientras los secuaces de la Bruja encierran a Madoka, Sayaka regresa de la Ciudad de Kamihama justo a tiempo para salvarla. Sayaka les explica a Madoka y a Homura lo que sucedió con Mami en Kamihama, y revela la verdad acerca de las Chicas Mágicas.

Yachiyo persigue a Black Feather y a los demás para encontrar el Hotel Faint Hope, que es donde se encuentra la sede del Magius. Después de luchar contra los Uwasa de Peeking Castle Town, camina por el distrito comercial donde los Uwasas han aparecido antes para encontrar la entrada al Hotel Faint Hope. Allí, conoce a una chica mágica llamada Kuroe de la ciudad de Takarazaki y el pequeño Kyubey, pero Kuroe de repente intenta huir. Después de perseguir a Kuroe, el ex mejor amigo de Yachiyo, Mifuyu Azusa, aparece ante ella. Mifuyu explica que los métodos del Magius son necesarios para evitar que más chicas se conviertan en víctimas como Iroha ...

Dentro del rumor de la Sakura Eterna, Yachiyo y Kuroe encuentran a Iroha. Sin embargo, fue tragada por una pesadilla de Doppel. Yachiyo se despierta y desayuna con Tsuruno, Felicia, Sana e Iroha, pero sorprendentemente Kuroe también estaba allí. Yachiyo y Kuroe se dan cuenta de que están en un mundo de sueños con la pesadilla Doppel y tratan de hablar con Iroha.

Kuroe se une a Iroha mientras continúa su búsqueda mientras Sana y Felicia se encuentran con Kyouko mientras intenta robar Grief Seeds del Magius. Touka luego revela su plan de atraer a todas las Brujas en un radio de 200 km para despertar a una Bruja Artificial llamada Embryo Eve y difundir el sistema Doppel por todo el mundo.

Kuroe deja que Iroha se le adelante mientras pelea con Magius. Kuroe escucha un susurro que la deja en estado de shock: "¿Te olvidaste de mí?" Al mismo tiempo, Iroha está escuchando la voz de Ui. Felicia y Sana están confundidas sobre el plan de Magius.

The Magical Girls break into the headquarters of the Magius. After Iroha and Yachiyo reunite, they meet up with Madoka and the other girls, but are confronted by Tsuruno Yui and Mami Tomoe who have become soldiers of the Magius. Mami and Tsuruno, who are being manipulated by another entity, begin attacking the Magical Girls. Iroha and Madoka are in a bind as they are unable to fight back. As a tactic, the Magius summon countless Witches to gather in Kamihama City. The largest ever Supercell is approaching and will hit Kamihama City in six hours. The true identity of the Supercell is actually Walpurgisnacht, the most sinister and evil Witch ever.

Tsuruno, who had merged with the Uwasa, is defeated, which triggers Touka from the Magius to direct her rage toward Iroha and her friends. Touka sends the Uwasa of the Soldier Bear army to attack them. Nemu is upset with Touka’s actions and at how things aren’t turning out the way she intended. Meanwhile, Iroha finds herself alone in a strange world. She is sitting in a seat in a theater where a Magical Girl named Mel is predicting the future. When Iroha sees Mel, she remembers the past events that Touka showed her at the Memory Museum.

It happened in the past… Iroha would go to the hospital daily and play with Ui, Touka and Nemu. The girls loved Iroha and looked forward to her visits. One day, the three girls create an Uwasa similar to an urban legend while playing. That way, if they died, the Uwasa they created would live on and remind Iroha of them. Iroha also created the “Uwasa of Eternal Sakura”, with the wish that the three girls will be discharged from the hospital without illness. And one day... Kyubey appears before Iroha.

The Magical Girls rush to Iroha while fighting against Uwasa of the Soldier Bear. The Amane sisters also stand in their way, but Mifuyu keeps them in check. "The plans of the Magius have failed." Meanwhile, Iroha and Touka regain the memories that Nemu's power took from them. Touka is happy to be reunited with Iroha but can’t recall why they became enemies in the first place. Nemu tells Touka why she had been hiding the truth until now. Now, they see the promise they made with Ui in a new light.

To fulfill their promise to Ui, Touka and Nemu set their plan in motion with Embryo Eve. Yachiyo desperately tries to stop them. As Alina watches events unfold, Kuroe is isolated and alone. And Kyubey is not far behind… Meanwhile, Iroha wakes up in her room at home. Everything looks the same as when Ui was still around. Finally, Iroha is reunited with Ui.

Iroha grieves about the battles that have been fought so far and figures she couldn’t save anyone in the end. Kyubey thanks Iroha and says that her hope caused everyone to fall into despair. The despair of Magical Girls is what Kyubey has been seeking all along. All the while, Iroha’s Doppel continues tormenting her. As a result of Iroha’s interference with the Magius, more Witches will be born. On the brink of despair, Iroha hears a familiar voice call out to her.