誘拐事件が幕を閉じ、正式にエリスの家庭教師として働くことになったルーデウス。エリスとギレーヌに算術や魔術を教える傍ら、ギレーヌから剣術を教わるというハードながらも平穏で充実した毎日が続いていた。しかしある日、休みのない授業のストレスでエリスが再び狂暴になってしまい……。

ルーデウスがボレアス家に来て３年が経ち、エリスたちはルーデウスの10歳の誕生日を祝うためにこっそりとパーティーの準備を進めていた。ルーデウスはエリスたちのサプライズに気づきながらも知らないふり。そんな穏やかな日々に、ルーデウスは幸せを感じていた。そして誕生日当日、ルーデウスの自室には意外な人物の姿が…！？

ついにフィットア領へと戻ってきたルーデウスたち。 しかし、故郷のブエナ村は荒地になり、ボレアス家のあったロアの街も転移事件に巻き込まれた人たちが集まる難民キャンプとなっていた。 執事のアルフォンス、そしてギレーヌと再会し、フィットア領やボレアス家の現状を知ったエリスは、ひとり考えた末にルーデウスの元を訪れる。

突如、手紙を残してエリスがいなくなった。 人生をやり直し、様々な出会いや旅を経験して変わることができたと思っていたルーデウスだが、エリスを失ったショックで、再び前世のように引きこもってしまう。 ルーデウスがなにもかも諦めかけたその時、彼の脳裏に母・ゼニスの思い出がよぎって……。