カタリナ・クラエスは、頭をぶつけた衝撃で女子高生だった前世の記憶を取り戻し、自分が夢中になっていた乙女ゲームの登場人物の一人、わがままで傲慢ちきの悪役令嬢になってしまったと気づく。良くて「国外追放」最悪「死亡」する「破滅フラグ」を回避する為、カタリナは行動を開始するのだった。

「破滅フラグ」を回避しようと悪戦苦闘していたカタリナは、ある日招待されたお茶会で、侯爵令嬢メアリ・ハントと出会う。畑の相談をする内に、植物の世話が得意なメアリと親しくなったカタリナは、突然やってきたメアリの婚約者で、第4王子のアラン・スティアートに何故か勝負を挑まれてしまうのだった。

ついに乙女ゲームの主人公であるマリア・キャンベルと出会い、改めて「破滅フラグ」を回避するために奔走するカタリナ。魅力的なマリアにたじろぐカタリナは、既にジオルドとキースが攻略されてしまったのではないかと、勘違いしてしまう。授業どころではないカタリナは、恒例となっている「脳内会議」を開くのだった。

マリアの魅力にすっかりメロメロになってしまったカタリナだったが、中庭で高圧的な令嬢たちに囲まれているマリアを助け、親睦を深めることになる。その後、休みを利用して行った農地の見学で、マリアの実家が近くにあると知ったカタリナは、ほんの少しだけならと、マリアの実家に立ち寄ることにするのだった。

順調？に破滅フラグを回避しているカタリナは、ヘビのおもちゃの投擲練習や畑仕事、木登りにいたるまで、来たる「破滅フラグ」回避への準備を進めつつも、充実した夏休みを満喫していた。そこへやって来たジオルドから「一緒に湖へ行きませんか？」と誘いを受ける。カタリナと2人きりで過ごしたいジオルドだったが…

夏休みも終わり、カタリナたちは魔法の実技試験を受けることに。実技試験の会場として訪れた「古の遺跡」の奥に置かれた「魔力を宿す石」を持ち帰れば合格と言うが…。カタリナは、ジオルド、キース、ソフィアの3人と、様々なトラップが仕掛けられ、入り組むダンジョンへと入るのだった。

参考書を探しに東棟の図書室へ向かっていたカタリナは、途中でいつもの面々と合流し勉強に励んでいた。ふと目に留まった本を開くと、本から眩い光が溢れ、ジオルドたちと共に飲み込まれてしまう。光から逃れたメアリとマリアは、恐る恐る本を開き、囚われたカタリナたちの姿を探すのだった。

アン・シェリーは、影に日向に主人を支えるカタリナ付のメイドである。主人の周りは、いつも賑やかで笑いも絶えないが、鈍すぎるカタリナは、王子たちから寄せられる好意に気づかないばかりか、勘違いしている様子…。そんなアンの心配を余所にカタリナはメアリたちとパジャマパーティーを開催するのだった。

突然カタリナの身に降って湧いた「断罪イベント」。ざわめく食堂に混乱する脳内。ついに「破滅フラグ」が！と慌てるカタリナ。そこへジオルドたち生徒会メンバーが入ってくる。証拠書類をジオルドたちに見せ、カタリナを責める令嬢たち。その時、当事者であるマリアが口を開くのだった。

突然姿を消したマリアの消息もつかめない中、カタリナまでもが目を覚まさなくなってしまった…。前世の夢を見つづけるカタリナ。一方ジオルドたちは、カタリナを医者に診せるも原因がわからず、悲しみに暮れていた。依然として目を覚ますことはないカタリナを前に、それぞれが自分の気持ちに気づくのだった。

囚われていたマリアをみつけたカタリナたち。そしてついに事件の首謀者と対峙する。事件の行方は！？ここまで破滅フラグを回避してきたカタリナ最大のピンチ！そして迎えるゲーム最後の卒業式イベント。果たしてカタリナは破滅フラグを回避できるのか！？