Korporacja ARCAM wysyła do Japonii genialną profesor Rie, aby odszyfrowała starożytną inskrypcję. Kiedy zostaje porwana, z odsieczą przybywa jej młody agent Spriggan.

Korporacja ARCAM odkrywa tajemniczą drewnianą łódź w ośnieżonych górach Turcji. Yu musi się zmierzyć z cybernetycznie ulepszonym dzieckiem, które posiada klucz.

Yu musi zbadać przeklęty las i znaleźć Somę, mityczny nektar nieśmiertelności. W wydostaniu się pomagają mu zaskakujący sojusznicy.

Yu próbuje zdobyć artefakt, który wpadł w złe ręce. Niestety wróg ucieka i przebudza zabójczy przedmiot.

Kiedy profesor Kawahara próbuje ochronić potężniejszy od bomby atomowej starożytny artefakt, dochodzi do tragedii. Po wszystkim żądny zemsty Yu rusza do Egiptu.

Yu prosi starego przyjaciela o pomoc w zbadaniu tajemniczej wyspy pojawiającej się co pewien czas na środku oceanu. Gdy ten przyjeżdża, Yu mierzy się z przeszłością.