人类和异界体之间的战斗更加复杂地持续着。在“第五次苍穹作战”的名义下，真壁一骑等竜宫岛部队登上人型兵器法夫纳，与异界体展开激烈战斗，以夺回被掳走的同胞。“为了有人活下去，就必须有人牺牲。让我们抛弃那样的世界活下去吧”“我会把你送回应该回的地方。” 对于竜宫岛的人们来说，被夺走的是无法取代的存在。 然而，这对那些拮抗者来说也是如此。而且，对于人类来说也是……。 在看不见尽头持续战斗的世界。然后，如今在这里，又开始了新的故事——

在梦里，总士遇到了和乙姬长得一模一样的两个孩子。他们告诉总士“米尔的申子在找你”。旁边站着一个男人。醒来时，他发现自己仍在那个和平的岛上，周围是无边无际的蔚蓝海洋。温柔的父母、自大但是可爱的妹妹、亲密无间的朋友，虽然是普通的日常，但总士的好奇心却是在岛外。“世界到底是怎么回事，谁能告诉我”总士呼唤着老旧的无线电。于是，有人对此有了回应。想知道真相吗？

重要的妹妹被来自岛外的男人杀害，所居住的岛屿被毁的总士，因此他不愿听从那人的话。一骑让他进入梦乡，将责任交给了美羽等人。当总士醒来时，他对岛上的人们——尤其是一骑表示反感，并采取反抗态度。史彦等人试图说服他，这个世界才是真实的……。历经3年的岁月，终于找回了通往龙宫岛的路标。但是，他的心仍然被困留在虚假的岛屿中......

在鲁维·卡玛的引导下，总士登上了Mk.Nicht。然而，尽管他本应与过去共鸣，但他却因为被Nicht中沉睡的憎恨思想和激情的扭曲意识所吞噬而暴走。“这样的岛屿，我要全部摧毁！”像任性的孩子一样，零央他们轻轻地制止了这样的行为。美羽悲伤地看着那个样子，独自一人站在那里……。岛民们对总士的突然变化感到不满。为了正确引导总士，并获得岛民的理解，史彦和卢维选择了对话的道路——

南美洲·独立人类军的百慕大基地。在红色月光下，被攻击并彻底摧毁的军港中停泊着贝农军母舰奥林匹斯。坐在舰内王座上的是一名穿着军装的金发碧眼青年。他身旁有马里斯·埃塞尔西亚和制作了新身体的马勒斯佩罗的身影。这位青年宣布将调动舰队对海神岛进行总攻击，但马里斯希望在毁灭岛屿之前再次说服总士……。还不知道自己是谁的总士。马里斯试图接触他的真正目的是什么……。

被马勒斯佩罗的绝对停止领域困住的海神岛。阿尔维斯探讨了逃生的方法，但模拟的结果并不乐观，结论是只有纯粹的米尔——阿尔泰尔——才是能够对抗大气层外敌人的唯一希望。士为了寻找龙宫岛的位置，被赋予了再次乘坐Mk.Nicht的机会.……。飞行员们的教导，千鹤所取得的伟业，美羽的决心，以及龙宫岛和岛民所经历的和平与痛苦的历史。学习、吸收、感受它们的时候，总士内心产生了新的认识——

马里斯从舰底抵消了阿肖卡的防御，确保了进入CDC的路线。

总士突袭了马利斯，想和曾经的好朋友做个了结的心情和认为马里斯的能力危及岛屿防御的力量驱使他。与此同时，陆地上，史彦，那个靠千鹤维系生命的人，用悲伤的表情注视着被挖空的空间……

在贝农军破坏工作几乎让岛屿沉没的同时，预定的觉醒时刻即将来临。这个器物将给岛屿带来什么

在激烈的战斗中，岛上有许多人丧生，空气中弥漫着沉重的空气。漂流而来的许多遗物被回收，殡仪馆里摆放着许多人的遗像。他们都是某人的家人、恋人和朋友。岛民们忍受着悲伤，面对接受现实所带来的痛苦。

在远见家，总士一个人站在厨房里，为了让抱着难以忍受的丧失感在自己的房间里堵住的真矢和美羽振作起来......

来自外界的少年直率的感情开始融化冻结的人们的心。受伤的岛屿得出的下一个选择是――

第二次L计划付诸实施。过去的L计划是以L船为诱饵，在岛屿被异界体发现之前争取时间的佯动作战，而第二次L计划则是将整个岛屿作为诱饵，少数人员乘坐L船前往龙宫岛，可以说是一种希望的作战。

然而，贝农军绕过了岛屿，毫不犹豫地将瞄准点对准了L船进行追踪。

"为什么……为什么一切都被看穿了" 部队立即停止了行动并试图返回岛上，但此时L船已被无数敌人包围，无法动弹。

看到通往龙宫岛的道路的那一瞬间，希望瞬间破灭。被分裂，派遣部队陷入危机状况。在那种混乱中，它突然出现了……。

马雷斯佩罗利用了人类的情感和盲点，采用了巧妙的手法进行了海神岛的追踪。在美羽和总士的指点下，阿尔维斯了解了真相，利用这种机制，他们策划了第六次苍穹作战，一边欺骗马雷斯佩罗等人的眼睛，一边策划以龙宫岛为目标的第六次苍穹作战。

另一方面，由于Mk. Nicht的Salvator化这一意料之外的事件，迫使马利斯等人不得不暂时撤退，为了实现他们所相信的和平世界，这次重新下定决心消灭岛屿......

岛民的愿望只有一个。回到故乡〈龙宫岛〉。那是延续到可能性的地平线，最后的希望——

受到Mk-Raison激烈攻击，岛上的法夫纳束手无策，战局陷入了僵局。一骑在优先保护美羽的护卫而非击溃Raison的情况下潜入海中，那里有执着于捕捉Ares的力量的legato。与此同时，在海底，美羽和总士到达了岛屿的盾牌圈内，离阿尔泰尔只有一步之遥。但是，马里斯阻挡了那条路......。想守护珍贵的人，珍贵的地方。抱有同样想法，但因立场不同而对立，不断争斗的人们。为了打破永无止境的悲剧连锁，美羽和总士选择的未来是――

美羽选择的祝福降临到世界上。异界体们集体飞升到天空，笼罩了红色的月亮。见证奇迹的人们无不停下脚步，感叹不已。“居然有这样的未来……”那一天，两个少年构想的未来。他们的愿望传承给了下一代，然后，走向了谁也无法想象的世界……。对话与争斗，共存与排斥，长久以来人类与米尔的历史，如今，迎来了一个转折期――