낯선 방에서 깨어난 이타도리는 눈앞에 있는 주술고전의 교사 고죠 사토루로부터 자신의 '비밀 사형'이 결정됐다는 말을 듣는다. 고죠는 이타도리에게 두 가지의 선택지를 말해준다. 지금 당장 사형당할 것인가, '양면 스쿠나의 손가락' 20개를 찾아 모두 집어삼킨 뒤 죽을 것인가.

마지막 1학년생인 쿠기사키 노바라를 마중 나간 이타도리, 후시구로, 고죠. 합류 후 그대로 어떤 폐빌딩 안에 숨어든 주령을 퇴치하라는 과제가 주어진다. 빌딩 안 둘로 나뉘어 주령을 탐색하는 이타도리과 쿠기사키는 아이를 인질로 잡은 교활한 주령과 대치하게 되는데.

소년원에서 발생한 긴급사태에 이타도리, 후시구로, 쿠기사키가 파견된다. 임무는 언제 특급 주령이 될지 모르는 주태와 함께 남겨진 생존자의 확인과 구출. 현장에 들어간 이타도리 일행은 무자비한 현실에 직면한다. 직후 쿠기사키이 모습이 사라지고 남겨진 이타도리와 후시구로의 앞에 특급 주령이 나타나는데.

이동 중이던 고죠는 특급 주령 죠고의 기습을 받는다. 죠고는 공격을 거듭하지만 그 공격은 고죠에게 절대로 닿지 않는다. 이윽고 죠고는 고죠의 강함을 실감하게 된다. 순식간에 주술고전으로 돌아가 수행 중이던 이타도리를 데리고 오는 여유를 보이는 고죠에게 죠고는 분노를 폭발시키며 어떤 수를 쓰지만 거기에 대항하는 고죠는.

이타도리 일행에게서 도망친 마히토는 게토 일행과 합류해서 어떤 계획을 진행시키기로 한다. 한편, 주술고전에서는 '교토 자매 학교 교류회'가 시작되려 하고 있었다. 후시구로와 쿠기사키, 2학년 마키, 토게, 판다가 모이고 그곳에 토도를 비롯한 교토고의 멤버들도 도착한다. 일촉즉발의 공기가 감도는 와중에 뒤늦게 고죠가 달려와 어떤 서프라이즈 작전을 실행하는데.

토도는 이타도리의 '경정권'을 특급에게는 통하지 않는 기술이라고 지적한다. 솔직하게 자신의 조언을 받아들인 이타도리를 토도는 전력을 다해 상대하며 이끌어간다. 한편, 교토고의 니시미야에게 쿠기사키가 싸움을 건다. 그 옆에 있던 판다를 숲에서 공격하는 메카마루. 그렇게 쿠기사키와 니시미야, 판다와 메카마루의 싸움이 시작됐는데.

곳곳에서 승패가 갈리기 시작한 교류회 첫날. 후시구로는 3대 가문의 적자 카모와 대치하고 있었다. 자신의 피를 조종하는 '적혈조술'을 사용하는 카모에게 후시구로는 식신과 체술로 대항한다. 같은 때 이누마키는 언령의 증폭, 강제 술식 '주언'을 사용해서 교류회를 진행하고 있었다. 그런 이누마키가 갑자기 불길한 기척을 감지하고 뒤돌아보니 그곳에는 예상 밖의 일이 일어나기 시작하는 교류회. 싸움의 행방은.

압도적인 힘으로 고죠는 하나미를 물리친다. 빈사상태의 하나미와 합류한 마히토는 주술고전에서 특급 주물 '양면 스쿠나의 손가락'과 '주태구상도 1번에서 3번까지'를 강탈했다. 착실하게 10월 31일에 결행할 고죠 사토루 봉인의 준비를 진행하고 있었다. 한편, 고전 쪽에서는 마히토 일행의 목적을 명확하게 파악할 수 없었다. 이번에 입은 피해를 고려해서 그대로 교류회도 중지될 예정이었지만 어째선지 야구로 결판을 내게 되었다. 자매 교류회 2일째 야구 대회, 플레이 볼!

실종된 사람이 많이 발생하는 사연 있는 서양식 저택을 조사하기 위해 파견된 주술사 우타히메와 메이메이. 저택에 잠입해 주령의 결계술을 눈치챈 두 사람은 결계를 깨기 위해 행동하지만, 갑자기 건물이 무너지기 시작한다. 공중으로 던져진 그 순간, 눈앞에 나타난 건... 2006년, 최강의 두 사람에게, 이제는 돌아갈 수 없는 푸르른 봄이 시작된다.

텐겐과의 적합자인 성장체, 그 소녀의 호위와 말소라는 임무를 맡은 고죠와 게토. 성장체 아마나이 리코를 노리는 건 주저사 집단 Q, 그리고 텐겐을 숭배하는 종교단체인 반성교다. 호텔을 급습한 자객을 물리친 고죠와 게토는 아마나이가 원하는 대로 전속 메이드인 쿠로이와 합류해서 아마나이의 학교에 가게 된다. 그리고 새로운 자객의 존재가 밝혀지는데...

2007년 8월. 고죠는 ‘최강’이 되어 임무도 전부 혼자서 해내게 되었다. 그로 인해 필연적으로 게토는 혼자 있는 일이 늘었다. 그해 여름에는 주령이 자주 출몰해서, 게토는 오직 퇴치하고 거둬들인다. 누구를 위해서? 그러던 어느 날, 게토 앞에 어느 인물이 나타난다. 고죠를 ‘최강’의 주술사로, 게토를 ‘최악’의 주저사로 이르게 한 과거의 사건, 그 결말이란...!?

눈을 뜬 스쿠나는 죠고의 조언엔 귀를 기울이지 않고 특급 주령인 죠고에 맞서 압도적인 힘을 과시한다. 한편, 아직 서로가 누군지 모른 채 대치하는 후시구로와 폭주하는 토우지. 압도적인 토우지에 맞서 후시구로는 아슬아슬한 공방전을 벌이는데...

토우지와의 전투에서 심한 부상을 입은 후시구로는 우연히 그 자리에 있던 시게모에게서 기습을 당한다. 빈사 상태에 빠진 후시구로는 필사적으로 무거운 발걸음을 옮긴다. 도겐자카의 넓은 교차로에 도착한 후시구로는 자신의 술식 ‘십종영법술’로 어떤 식신을 불러내는데...

시부야 거리를 파괴하고 수많은 사람을 죽이면서 후시구로의 식신을 깨뜨린 스쿠나. 그리고 눈을 뜬 이타도리는 그 처참한 상황을 보게 된다. 비통에 휩싸여 결의를 다진 채, 마치 귀신처럼 발걸음을 옮기는 이타도리. 한편, 녹초가 된 나나미는 몽롱한 상태에서도 몰려드는 개조 인간을 퇴치한다. 하지만 그곳에 마히토가 나타나는데…