소년원 밖으로 대피한 후시구로는 특급 주령이 죽었다는 것을 눈치챈다. 다음 순간. 옆에 양면 스쿠나가 나타나 이타도리의 몸에서 심장을 뽑고 몸을 인질로 삼는다. 이대로라면 이타도리는 의식이 돌아와도 죽기 때문에 스쿠나와 전투를 벌이는 후시구로였지만 스쿠나와의 격의 차이를 통감하게 되는데.

이타도리의 죽음에 화를 곱씹는 고죠. 동료의 죽음에 풀이 죽은 후시구로와 노바라는 강해지기 위해 2학년들과 특별훈련을 시작한다. 한편, 게토 스구루도 움직이기 시작한다. 그런 와중에 죽은 줄 알았던 이타도리는...

교류회를 대비한 특훈을 하던 중. 쿠기사키와 후시구로의 앞에 교토고의 젠인 마이와 토도가 나타나 두 사람에게 싸움을 건다. 후시구로를 완력으로 짓누르는 토도. 한편, 마인의 말에 혐오감을 느끼고 쿠기사키는 마이를 도발하는데.

요시노의 조사를 맡은 이타도리는 보조 감독인 이지치에게 작전 설명을 듣는다. 하급 주령에게 요시노를 습격하게 하고 반응을 확인하려던 작전이 실패하면서 이타도리는 요시노에게 바로 묻는다. 결과적으로 혐오하는 담임 선생님을 쫓아준 이타도리를 보고 요시노는 이야기를 해보기로 한다. 한편, 마히토의 아지트 위치를 알아낸 나나미는 지하 수로에서 마히토와 전투를 벌이게 되는데.

간발의 차이로 마히토의 일격을 막고 이타도리를 구한 나나미. 여기서 확실하게 마히토를 퇴치하기 위해 이타도리와 나나미는 호흡을 맞춰 마히토를 같이 공격한다. 마히토는 개조 인간을 사용해서 이타도리의 정신을 옥죄려고 하지만 이타도리는 그것을 극복한다. 거듭된 공격으로 궁지에 몰린 마히토는 '죽음'을 직감하는데.

이타도리 일행에게서 도망친 마히토는 게토 일행과 합류해서 어떤 계획을 진행시키기로 한다. 한편, 주술고전에서는 '교토 자매 학교 교류회'가 시작되려 하고 있었다. 후시구로와 쿠기사키, 2학년 마키, 토게, 판다가 모이고 그곳에 토도를 비롯한 교토고의 멤버들도 도착한다. 일촉즉발의 공기가 감도는 와중에 뒤늦게 고죠가 달려와 어떤 서프라이즈 작전을 실행하는데.

교토 자매 학교 교류회의 단체전이 시작됐다. 도쿄고의 멤버들을 교토고의 토도가 덮치지만 시간 버는 역할을 맡은 이타도리가 토도를 상대하게 된다. 토도의 파워에 압도당한 이타도리에게 토도는 갑자기 여자 취향을 물어보는데.

토도는 이타도리의 '경정권'을 특급에게는 통하지 않는 기술이라고 지적한다. 솔직하게 자신의 조언을 받아들인 이타도리를 토도는 전력을 다해 상대하며 이끌어간다. 한편, 교토고의 니시미야에게 쿠기사키가 싸움을 건다. 그 옆에 있던 판다를 숲에서 공격하는 메카마루. 그렇게 쿠기사키와 니시미야, 판다와 메카마루의 싸움이 시작됐는데.

교류회 단체전은 계속된다. 대치하는 마키와 미와. 미와는 마키의 등급에는 드러나지 않은 압도적인 강함에 놀라움을 감추지 못한다. 같은 때 빗자루로 공중을 날아다니는 니시미야를 쫓는 쿠기사키. 마이의 고생 여성 주술사로서 살아간다는 것의 의미에 대해 말하는 니시미야의 말을 싹둑 잘라 무시해버리고 단숨에 반격에 나서는 쿠기사키. 그리고 그곳에 마이의 모습은 어디에도 보이지 않았는데.

교류회에 갑자기 난입해서 학생들을 습격하는 특급 주령 하나미. 이에 맞선 후시구로, 이누마키, 카모는 하나미의 공격을 막으면서 장막 밖을 향해 달린다. 결국 위기에 처하게 된 세 사람이었지만 그곳에 마키가 참전하고 후시구로와 연계해서 하나미를 공격한다. 하지만 그럼에도 불구하고 특급 주령인 하나미의 압도적인 전투력 앞에서 둘은 궁지에 몰리게 되는데.

하나미와의 전투에 참전한 이타도리와 토도. 이타도리가 흑섬에 성공하고 토도와 연계 플레이를 하면서 계속 히나미를 공격하던 와중에 토도는 자신의 술식을 해금한다. 자신의 브라더가 된 이타도리와 함께 토도는 변칙적인 술식과 자칭 IQ 53만의 뇌내 CPU를 활용한 영리함으로 하나미를 농락하는데.

압도적인 힘으로 고죠는 하나미를 물리친다. 빈사상태의 하나미와 합류한 마히토는 주술고전에서 특급 주물 '양면 스쿠나의 손가락'과 '주태구상도 1번에서 3번까지'를 강탈했다. 착실하게 10월 31일에 결행할 고죠 사토루 봉인의 준비를 진행하고 있었다. 한편, 고전 쪽에서는 마히토 일행의 목적을 명확하게 파악할 수 없었다. 이번에 입은 피해를 고려해서 그대로 교류회도 중지될 예정이었지만 어째선지 야구로 결판을 내게 되었다. 자매 교류회 2일째 야구 대회, 플레이 볼!

'주태구상도' 형제 에소우와 케치즈를 상대하는 이타도리와 쿠기사키였지만 에소우 케치즈의 피를 뒤집어쓰게 되면서 체내에서 부식이 시작된다. 궁지에 몰린 쿠기사키는 스스로를 못으로 찌르며 '공명'을 발동한다. 형제와의 인내심 대결을 시작한 쿠기사키. 이타도리도 멈추지 않고 케치즈를 계속 공격한다. '양면 스쿠나의 손가락'에서 시작된 이번 임무. 과연 이타도리, 쿠기사키, 후시구로는 무사히 주술고전으로 돌아올 수 있을 것인가.

움직이는 사지를 얻기 위해 주령 측과 내통하고 있던 교토교의 메카마루, 무타 코키치. 교섭은 결렬되고 마히토와의 싸움을 피할 수 없게 되지만, 무타는 몰래 준비해 온 거대 메카마루인 얼티밋 메카마루 절대 형태(모드 앱솔루트)를 타고 맞서 싸운다. 모든 걸 봐온 무타는 지금까지 속박당했던 세월을 통해 얻은 주력을 전부 쏟아낸다. 과연 무타는 사지에서 탈출해 고죠에게 주령 측의 계획을 전할 수 있을 것인가.

시부야역 지하 플랫폼. 일반인이 방패가 된 상황 속에서도 죠고, 하나미, 쵸소우를 압도하며 궁지로 몰아넣는 고죠. 하지만 죠고 일행의 목적은 시간을 끌어서 옥문강에 고죠를 봉인하는 것이었다. 수많은 개조 인간과 함께 마히토도 참전한다. 죠고 일행은 일반인을 방패삼아 고죠를 지치게 만들려고 하지만, 고죠는 어떤 비책에 나서는데...

눈을 뜬 스쿠나는 죠고의 조언엔 귀를 기울이지 않고 특급 주령인 죠고에 맞서 압도적인 힘을 과시한다. 한편, 아직 서로가 누군지 모른 채 대치하는 후시구로와 폭주하는 토우지. 압도적인 토우지에 맞서 후시구로는 아슬아슬한 공방전을 벌이는데...

토우지와의 전투에서 심한 부상을 입은 후시구로는 우연히 그 자리에 있던 시게모에게서 기습을 당한다. 빈사 상태에 빠진 후시구로는 필사적으로 무거운 발걸음을 옮긴다. 도겐자카의 넓은 교차로에 도착한 후시구로는 자신의 술식 ‘십종영법술’로 어떤 식신을 불러내는데...

이타도리와 마히토의 사투가 결판났다고 생각한 순간, ‘마히토, 구해줄까?’ 하고 게토의 가죽을 뒤집어쓴 누군가가 마히토에게 말을 건다. 그 순간, 이타도리는 눈앞에 있는 그 남자가 고죠를 봉인한 자와 동일 인물이라는 걸 알아차리고 맞서지만, 그자가 사용하는 게토 스구루의 주령 조종술에 의해 저지당하고 만다. 그자는 어떤 것에 대해서 말하기 시작하는데…

시부야 사변이 최종국면에 접어들면서 주술사들이 모이는 가운데, 쵸소우는 게토의 시체에 기생하는 ‘흑막’의 정체를 알아차린다. 그리고 절체절명의 위기에 빠진 순간에 나타난 특급 주술사 츠쿠모 유키. 츠쿠모와 ‘흑막’이 각자 말하는 인류의 미래(넥스트 스테이지). 사변의 종언이 초래하는 파멸과 혼란. 세계는 급변한다.