남다른 신체능력을 가진 고등학생 이타도리 유지. 할아버지가 돌아가신 날 밤에 주술고전의 1학년 후시구로 메구미와 만난다. 그는 이타도리가 가진 '주물'을 회수하기 위해 온 것이었지만, 공교롭게도 그 '주물'은 이타도리의 선배들에 의해 봉인이 풀린다. '주물'이 불러들인 저주의 괴물에게 습격당하는 선배들. 그곳에 이타도리와 후시구로가 달려가는데.

낯선 방에서 깨어난 이타도리는 눈앞에 있는 주술고전의 교사 고죠 사토루로부터 자신의 '비밀 사형'이 결정됐다는 말을 듣는다. 고죠는 이타도리에게 두 가지의 선택지를 말해준다. 지금 당장 사형당할 것인가, '양면 스쿠나의 손가락' 20개를 찾아 모두 집어삼킨 뒤 죽을 것인가.

소년원에서 발생한 긴급사태에 이타도리, 후시구로, 쿠기사키가 파견된다. 임무는 언제 특급 주령이 될지 모르는 주태와 함께 남겨진 생존자의 확인과 구출. 현장에 들어간 이타도리 일행은 무자비한 현실에 직면한다. 직후 쿠기사키이 모습이 사라지고 남겨진 이타도리와 후시구로의 앞에 특급 주령이 나타나는데.

소년원 밖으로 대피한 후시구로는 특급 주령이 죽었다는 것을 눈치챈다. 다음 순간. 옆에 양면 스쿠나가 나타나 이타도리의 몸에서 심장을 뽑고 몸을 인질로 삼는다. 이대로라면 이타도리는 의식이 돌아와도 죽기 때문에 스쿠나와 전투를 벌이는 후시구로였지만 스쿠나와의 격의 차이를 통감하게 되는데.

이타도리의 죽음에 화를 곱씹는 고죠. 동료의 죽음에 풀이 죽은 후시구로와 노바라는 강해지기 위해 2학년들과 특별훈련을 시작한다. 한편, 게토 스구루도 움직이기 시작한다. 그런 와중에 죽은 줄 알았던 이타도리는...

마히토에게 심취한 요시노는 보기 좋게 이용당하면서 이타도리와 싸우게 된다. 복수를 위해 폭주하는 요시노에게 이타도리는 주먹다짐을 하면서도 요시노에게 동기를 물으며 그를 설득하려고 했지만, 요시노에게서 잔혹한 사실을 듣게 된다. 그런 두 사람의 앞에 마히토가 나타나는데.

간발의 차이로 마히토의 일격을 막고 이타도리를 구한 나나미. 여기서 확실하게 마히토를 퇴치하기 위해 이타도리와 나나미는 호흡을 맞춰 마히토를 같이 공격한다. 마히토는 개조 인간을 사용해서 이타도리의 정신을 옥죄려고 하지만 이타도리는 그것을 극복한다. 거듭된 공격으로 궁지에 몰린 마히토는 '죽음'을 직감하는데.

이타도리 일행에게서 도망친 마히토는 게토 일행과 합류해서 어떤 계획을 진행시키기로 한다. 한편, 주술고전에서는 '교토 자매 학교 교류회'가 시작되려 하고 있었다. 후시구로와 쿠기사키, 2학년 마키, 토게, 판다가 모이고 그곳에 토도를 비롯한 교토고의 멤버들도 도착한다. 일촉즉발의 공기가 감도는 와중에 뒤늦게 고죠가 달려와 어떤 서프라이즈 작전을 실행하는데.

야소하치 다리의 저주에 더해 특급 주령 '주태구상도' 중 하나인 케치즈와 대치하게 된 이타도리, 후시구로, 쿠기사키. 야소하치 다리의 저주의 결계 안에 있던 일행이었지만 갑자기 쿠기사키가 팔을 붙잡혀 결계 밖으로 끌려간다. 그 뒤를 쫓아 나간 또 한 마리의 주령 케치즈와 이타도리. 결계 안에 남은 후시구로는 빠르게 야소하지 다리의 주령을 퇴치하지만 충격적인 광경을 목격하게 된다. 한편, 쿠기사키는 '주태구상도' 중 하나인 에소우와 대치한다. 그곳에 케치즈와 그 뒤를 쫓아온 이타도리가 나타나는데.

'주태구상도' 형제 에소우와 케치즈를 상대하는 이타도리와 쿠기사키였지만 에소우 케치즈의 피를 뒤집어쓰게 되면서 체내에서 부식이 시작된다. 궁지에 몰린 쿠기사키는 스스로를 못으로 찌르며 '공명'을 발동한다. 형제와의 인내심 대결을 시작한 쿠기사키. 이타도리도 멈추지 않고 케치즈를 계속 공격한다. '양면 스쿠나의 손가락'에서 시작된 이번 임무. 과연 이타도리, 쿠기사키, 후시구로는 무사히 주술고전으로 돌아올 수 있을 것인가.

이누마키의 도움으로 간신히 시부야역 구내에 도착한 이타도리. 그런 이타도리 앞에 나타난 쵸소우는 ‘동생의 원수!’라며 다짜고짜 공격한다. 한창 싸우던 와중에 고전하는 이타도리에게 쵸소우가 묻는다. ‘동생이 마지막에 남긴 말이 있나?’

특급 주령 다곤의 영역 전개 ‘탕온평선’에 의해 궁지에 몰린 나나미, 마키, 나오비토. 그때 나타난 후시구로의 가세로 사지에서 활로를 찾지만, 갑자기 토우지가 난입힌다. 폭주 상태인 토우지는 그대로 강자인 다곤에게 공격을 가한다. 한편, 미미코와 나나코는 쵸소우와의 전투로 의식을 잃은 이타도리에게…

눈을 뜬 스쿠나는 죠고의 조언엔 귀를 기울이지 않고 특급 주령인 죠고에 맞서 압도적인 힘을 과시한다. 한편, 아직 서로가 누군지 모른 채 대치하는 후시구로와 폭주하는 토우지. 압도적인 토우지에 맞서 후시구로는 아슬아슬한 공방전을 벌이는데...

토우지와의 전투에서 심한 부상을 입은 후시구로는 우연히 그 자리에 있던 시게모에게서 기습을 당한다. 빈사 상태에 빠진 후시구로는 필사적으로 무거운 발걸음을 옮긴다. 도겐자카의 넓은 교차로에 도착한 후시구로는 자신의 술식 ‘십종영법술’로 어떤 식신을 불러내는데...

시부야 거리를 파괴하고 수많은 사람을 죽이면서 후시구로의 식신을 깨뜨린 스쿠나. 그리고 눈을 뜬 이타도리는 그 처참한 상황을 보게 된다. 비통에 휩싸여 결의를 다진 채, 마치 귀신처럼 발걸음을 옮기는 이타도리. 한편, 녹초가 된 나나미는 몽롱한 상태에서도 몰려드는 개조 인간을 퇴치한다. 하지만 그곳에 마히토가 나타나는데…