虎杖、伏黑和五条在接完第3名高中一年级学生钉崎野蔷薇后，来到了一栋废弃大楼。五条告诉虎杖和钉崎前去进入废弃建筑里面把诅咒拔除掉即可完成课题。

建筑内部，钉崎在与虎杖兵分两路后，与将小孩当成人质的狡猾咒灵对峙了起来。

由于少年院发生了紧急事故，虎杖、伏黑、钉崎被派去前往该处。任务是在解决掉等级已经达到特级咒灵的咒胎的同时寻找并救出仍然活着的生还者。

宿傩解决了特级咒物，但虎杖却没有醒，没有拿回这具身体的控制权。宿傩攻击了等在外面的伏黑，两人打得难舍难分。但是面对强大的宿傩，伏黑没有丝毫的还手之力，很快落败了，但是伏黑始终相信虎杖一定会回来的。

五条因为虎杖的死而感到不甘。因为同伴的死而感到心情沉重的伏黑和钉崎为了变得更强而和高二的前辈们开始了特训。

另一方面，夏油他们也开始了行动。

这时应该已经死了的虎杖却...。

五条悟在前往学校的路上遇见了前来伏击他的漏瑚.五条悟将虎杖悠仁也带了过来，让他做参观学习一下咒术战的顶点“领域展开”。

从高中逃学到电影院的吉野顺平亲眼目击到了同年级学生身体变形而死亡的惨状，为了抓住“犯人”，吉野顺着声音的方向跟了过去。然后，来到变成案发现场的电影院的虎杖与1级咒术师七海建人遇上了2只咒灵。

千钧一发之际七海及时赶到挡下了真人的攻击，拯救了虎杖。为了彻底消灭掉真人，七海和虎杖商定由七海先上前进攻，虎杖则伺机发动进攻。而真人还打算用改造人来打击他们的心灵时，虎杖趁机发动了攻击。在遭受到两人穷追猛打的联合进攻下，真人感受到了“死亡”的气息

京都咒术高专的学生抵达了东京。五条和虎杖为此准备了一个特大惊喜：于两校学生会面时揭示虎杖仍然存活的事实。

京都校的所有学生要除掉虎杖这个目标，但东堂坚持要和虎杖单挑。对战中东堂惊讶于虎杖的强悍并因此对他产生好感。另一方面，东京校的其他人发现了京都校的意图。

虎杖继续与东堂对战，而东堂借此传授要点。在另一面，机械丸和熊猫遇上了。他们两人都有一个共同点，也各隐藏着重大秘密。

狗卷，伏黑和加茂挣扎着与特级咒灵花御对抗，真希适时地赶到提供急需的支援。

咒灵入侵东京校一役，咒术高专不仅出现人员伤亡，连特级咒物也失窃了。修整过后，东京和京都两校展开了棒球对决……