ワシントンDCのアメリカ議会図書館が何物かに襲撃され、大量の稀覯本が盗まれる事件が発生した。その報告を受け、世界の本に関するありとあらゆる事件、犯罪、トラブルを一手に引き受ける大英図書館特殊工作部は奪われた稀覯本の奪回作戦を開始する。一方、大英図書館特殊工作員ザ・ペーパーこと読子・リードマンはそんな状況も知らずに、神保町のとある秘密の地下書店で一冊の稀覯本を手に入れ信号待ちをしていた。そこに突如、大量の蜂と巨大なミュータントバッタが出現し、たちまち交差点は大パニックに!読子は自らの特殊能力を使い購入したばかりの稀覯本を守ろうとするが…。

偉人軍団にアメリカ議会図書館から奪われた稀覯本｢不滅の恋｣の下巻が、発見されたとの報告を受け読子、ナンシー、ドレイクたちは大英図書館特殊工作部の潜水艦でインドへと向かっていた。現地に到着した読子はナンシーと共に早速、ジョーカーから報告のあった雑貨屋へと向かう。そこで彼女たちを待っていたのは偉人軍団の一人、玄奘であった。彼は読子が持っているもう一対の稀覯本を奪い取るため、ここで待ち伏せをしていたのだ。こうして、読子が持つ一冊の稀覯本を巡って、偉人軍団と大英図書館特殊工作部の壮絶なるバトルの火蓋がいま再び切って落とされようとしていた!

信頼していたパートナー、ナンシーの裏切り…・・。いまだにそのことが信じられないまま偉人軍団殲滅のため、ドレイクと共に偉人要塞へと向かう読子。しかし、偉人要塞に接近したとたん、ファーブルの操るカブト虫の攻撃により、読子たちの乗ったオスプリーは撃墜されてしまう。間一髪、難を逃れた二人は偉人要塞内部への潜入に成功するが、ドレイクは偉人軍団の罠に落ち、読子は待ち受けていたファーブルにより囚われの身となってしまうのだった。米海軍の攻撃をものともせず、着々と進行する偉人軍団の『人類一斉淘汰作戦』。人類滅亡へのカウントダウンが始まる…・・。