極彩色のネオンとスモッグに覆われたアジア風のコロニー「ピンイン」。この街でワーカーとして暮らすメメンプーは、コロニーの外を旅するマーカーになりたいという夢を持っていた。年に一度の祭の夜、昔馴染みのマーカー父娘・ウォルシュとリンダが旅から戻ってくるが……

伝説のマーカー・ウロロップから送られてきたペンダントを解析するメメンプー。その正体はラビリンスの精細な地図だった。いよいよ旅立ちを決意したそのとき、突然ピンインがカイジュウに襲われる。ガガンバーは倉庫街に隠していたボットを起動させ、メメンプーとともにカイジュウに立ち向かう。

ついにあこがれのラビリンスへと足を踏みだしたメメンプー。夢の場所をめざして最短距離を進もうとするが、マーカーとしての定石を重んじるガガンバーはメメンプーの提案をことごとく却下。納得のいかないまま口論になり、カイジュウに追われるうちに二人ははぐれてしまう。

管制局員のメローロによって風光明媚なコロニー「ジョリージョリー」に拘置されたメメンプーとガガンバー。私物を没収され、コロニー内で処遇を待ちながらも、つかの間の観光を楽しんでいた。ガガンバーはバーで出会った謎の女・ザクレットゥを追いかけるうち、チンピラの銃撃に巻き込まれる。

罰則の労働奉仕のため、メローロにラビリンス「風の丘」へと連れていかれるメメンプーとガガンバー。かつて緑あふれる広大な森だったはずのその場所は、木々の朽ちた荒野と化していた。近年のラビリンスの異常気象に手を焼くメローロは、この森を復興させるための「修理」を二人に依頼する。

労働奉仕を終え、ザクレットゥの取り立てを逃れて次のコロニーへと向かうメメンプーとガガンバー。道中、少年少女からなる不良集団・ユーリ団に包囲され、「アレー・ヤール」のスラムにあるアジトへと連行される。平等を謳うこのコロニーでは、権力を持つ大人たちによる汚職が横行していた。

メメンプー・ガガンバー・ザクレットゥ・ユーリの四人になり、賑やかに目的地をめざすチーム・メメンプーの面々。体調を崩したメメンプーはある晩、おそろしい夢を見て目覚める。いっぽう大人たちは、日を追うごとに目に見えて言動がおかしくなっていき……

中毒症状の重いユーリを入院させるため、「カラカラ」コロニーに立ち寄ったチーム・メメンプー。なぜか浮かない顔のガガンバーと仲直りのきっかけを見つけられないまま、メメンプーはおそろしい夢の話をザクレットゥに聞いてもらう。その頃、ガガンバーは懐かしい人物と再会していた。

あらためてラビリンスの旅へと戻ったチーム・メメンプー。先を急ごうと焦るメメンプーだったが、うだるような暑さの中、ジャングルを進む大人たちの足取りは重い。湖畔で涼をとっていると突然の大豪雨によって水が溢れ、一行は電気もネットワークも通じない無人島へと流されてしまう。

巨大な万能艦で現れたメローロに救出されたチーム・メメンプー。ラビリンスで頻発する天変地異や管制局の役割について改めて知らされ、現実をつきつけられる。メローロへの尊敬の念を募らせるメメンプーがおもしろくないガガンバー。そこに、管制局を狙ったシビトが直接襲撃してくる。

あらゆるエンターテインメントが楽しめる「ドリームコロニー」。シビトの襲撃に対応したチーム・メメンプーは、お礼にこのコロニーを代表する歌姫の独唱会に招待される。柄じゃないとこっそり歌劇場を抜け出そうとしたガガンバーは、主役であるはずの歌姫・シーナの脱走に居合わせてしまう。

独唱会の真っ最中に歌劇場を襲撃するシビト。その目的は、独唱会の観覧に来ていたドリームコロニーのプリンセスの拉致だった。万能艦を襲ったシビトの少女は再びメメンプーを「虹の子」と呼び、その出自について示唆する。ザクレットゥとユーリの支援を受けたガガンバーが救出に向かうが……