女子高生の加納渚は謎の少女イクサー１から理由も解らぬうちにパートナーに指名された。彼女とイクサーロボに乗り込み、侵略者クトゥルフの戦闘下士官コバルトの操るディロスシータと対決する。

クトゥルフの指導者サー・バイオレットは、コバルトの恋人であった下仕官セピアを地球に送り込んだ。支配者ビッグ・ゴールドの狙いを探ろうと、イクサー１は単身、敵の要塞に乗り込むが…!?

渚の強大なパワーによってイクサーシグマは倒れた。渚のパワーに魅力を感じたイクサー２は、渚を誘拐してパートナーになることを強要する。それを拒絶した渚は、イクサー２に魂を操られしまう。