在被垃圾山包围的城镇里巴切斯塔，少年艾克以捡垃圾为生。一天，他挖出了一个不明真实身份、腰上有个插孔的少女。艾克将没有记忆的她带回了家。然而他的行动却在动摇城镇的骚动中影响开来。

简直像逃跑一样，艾克和缪离开了里巴切斯塔城镇。而等待着他们两人的，是无人的荒野和一望无际的铁路。本想就这样持续平静的旅程，但无耳却突然出现并袭想他们。两人拼命应战，最终还是逃到了森林里。并且在那里，身份不明的祈手即将来袭。

拥有绰号“真红丽人”的祈手碧琳，救下了因受到艾茵、施蒂尔、岑德三姐妹的精神攻击而陷入窘境的艾克和缪。艾克在碧琳担任副所长的“颤音技术研究所”里醒来。另一方面，缪以与三姐妹的战斗为契机，开始对和艾克继续旅行一事产生了困惑。

从颤音技术研究所那里得到情报后，艾克和缪为了寻求吉米的线索而造访“Freak Scene学园”。两人在那里受到校长基姆所托，调查学园内正蔓延的名为“TEEN SPIRIT”的怪喷雾罐的源头。只要成功的话，就能拿到吉米在校时的记录。

追逐吉米的足迹，艾克和缪来到了被称为殿下的祈手所统治的城市“佩斯利公园”。然而他们才刚到，就因为一点小事而吵起架。总之两人为了赚钱而开始了各自的打工生活。出生以来第一次差点被都市气氛给吞没的艾克，在那里遇到了名为基德的男人。

自10年前的庆典以来，吉米至此行踪不明。为了与带着负伤的他也随之消失的诺姆族民相见，艾克和缪继续前往至海岸。但是在中途，艾克却因为发高烧而倒下了。在寻求帮助的缪面前，一条路和巨大的墙在海上浮现出来。而那个墙壁下看着的门，正是诺姆之国的入口。

青年莱德和发小瑞奇在灰色天空下的荒废城镇伦狄尼姆，作为修理工厂的工人劳动着。他们过着积愤无法发泄的生活，而这一天，来了一位客人。那次相遇，三人和这个城市发生了决定性的改变。

从罗丝那出发的艾克他们，面前出现了称呼缪为“公主”的青年将校。Council部队统治着曾经被称为世界中心的城市伦狄尼姆，而他正是部队的队长，托米·沃克。在托米的拜托下，缪在平安夜表演的舞台剧中担任女主角。

异形音波机甲Dual Showman用耀眼的闪光照亮了伦狄尼姆的街道。站在其肩上的缪与曾经失控的吉米相重叠，艾克受到了冲击。在托米的指挥下大规模的无耳歼灭作战开始，艾克为了阻止缪和托米，决定潜入望台。

无法将言语传达给缪，艾克连站起来的力量都没有了。他醒来以后，发现自己在无边际的农田小镇克拉克斯代尔的尽头，少女詹尼斯的家里。受到詹尼斯的热情款待，艾克的内心开始慢慢治愈。另一方面，在布莱顿海滩，托米的作战计划将付诸实行。

托米的作战计划失败了，另一方面，就像呼应觉醒的缪一样，无耳正残暴化。其威胁开始在全世界展开。殿下等人降落在被烧成荒野的布莱顿海滩，为了将世界从即将到来的终末中拯救出来而站了起来。此时，凯文、碧琳和诺姆国的罗丝等人也开始了各自的行动。

祈手们的绝招攻击对作为无耳的王站在众人面前的缪毫无作用。大家已经无计可施，里巴切斯塔城镇已陷入混乱。但是，作为祈手乘着AC30的艾克却出现在了那里。艾克对打算和世界告别的缪说：“我要再见你一次。”到底他的声音能否传达给缪？