まるで逃げ出すようにリバチェスタの街を飛び出したエコヲとミュウ。ふたりを待っていたのは、無人の荒野とどこまでも続く線路だった。このまま平和な旅が続くのかと思いきや、突如現れたミミナシに襲われるエコヲたち。必死に応戦するも、森の中に放り出されてしまったふたり。さらにそこに、正体不明の祈手が襲いかかる。

アイン、シュテュル、ツェンデの三姉妹の精神攻撃により窮地に陥ったエコヲたちを救ったのは、「真紅の麗人」の異名を持つ祈手、ビリンだった。彼女が副所長を務める「トレモロ技研」で目を覚ますエコヲ。一方のミュウは、三姉妹との戦いをきっかけに、エコヲと旅を続けることに迷いを感じ始める。

鉛色の空が広がる荒廃した街・ロンディニウムで、修理工場の従業員として働く青年・ライドと幼なじみのリッチー。溜め込んだ鬱憤を晴らすこともできないまま日々の生活を送るふたりのもとに、ある日、やって来たひとりの客。

その出会いは、3人とこの街の運命を決定的に変えることになるのだった。

ロンディニウムの街を眩い閃光で照らし出す異形のイクイップメント、デュエルショウマン。その肩に乗るミュウの姿がかつてのジミの暴走と重なり、エコヲは衝撃を受ける。トミーの指揮によって大規模なミミナシ掃討作戦が動き出す中、エコヲはミュウとトミーを止めるため、ウォッチタワーへの潜入を決意する。

ミミナシの王として人々の前に立ちはだかるミュウには、祈手たちの決死の攻撃も通用しなかった。最早なす術無しとリバチェスタの街は混乱に陥る。しかし、そこに現れたのは、祈手としてAC30に乗り込んだエコヲだった。世界に別れを告げようとするミュウに「もう一度、君に会いに来た」と伝えるエコヲ。彼の声は果たしてミュウに届くのか。