再び現代にタイムスリップした田村心（竹内涼真）を待ち受けていたのは、変わり果てた歴史だった。父・文吾（鈴木亮平）は変わらず冤罪で囚われており、母・和子（榮倉奈々）と兄・慎吾（番家天嵩）は心中して亡くなっていた。生き残った姉は行方知れず。自分が過去を変えたことで最悪の歴史に変わってしまったことに心は深く後悔する。最愛の妻だった由紀（上野樹里）が亡くなった歴史も変わっているのではと、心は一縷の望みを胸に由紀の実家を訪れ、由紀と遭遇する。拘置所の文吾と涙の再会を果たし、必ず冤罪を晴らすと約束した心は、生き別れになっていた姉を訪ねるが、姉は村田藍（貫地谷しほり）と名前も姿も変えて隠れるように生きていた。心は藍に文吾の冤罪を晴らすことに協力して欲しいと言うが、藍は内縁の夫（安藤政信）との生活を邪魔しないで欲しいと拒む。心は姉の夫の正体を知り、愕然とするのだった。音臼小事件は未だに終わっていないと感じる心。心は父を救い出すため、あまりにも無謀な作戦を思いつく。しかし、大きな困難が待ち受けるのだった。