전국, 전 세계 고등학생 중 가장 강한자를 뽑는 대회인 갓 오브 하이스쿨. 각 지역구 예선전이 개최된다. 수도권 예선에 스카우트 된 진모리,유미라,한대위는 우연한 소동에 말려들고, 세 사람은 간신히 늦지 않고 경기장에 도착한다.

갓 오브 하이스쿨의 예선전이 끝나고, 승자들은 토너먼트에 참전하게 된다. 그러던 중 고감도와 강만석의 경기가 시작되고, 만석의 일방적인 구타가 이어지자 보다 못한 모리가 끼어든다.

한바탕 소동이 정리되고 시합은 계속된다. 박무진은 모리의 할아버지가 진태진이라는 사실을 알게 된 후, 모리에게 집행위원 Q와 싸워서 이기면 대회에 복귀시켜준다고 약속한다. 그 후 박무진은 모리에게 의문의 과일을 건넨다.

준결승을 치르기 전, 미라 앞에 한 남자가 나타난다. 월광 검법을 부흥시켜주겠다는 달콤한 약속에 미라는 대회를 포기하고 오성진과 결혼하기로 하고, 그 사실을 안 모리와 대위는 미라의 결혼식장에 쳐들어간다.

친구를 위해 반드시 결승에서 이겨야 하는 대위와 그런 대위에게 화가 난 모리가 드디어 결승에서 맞붙는다. 두 사람이 정신없이 공격을 퍼붓는 동안 우승태는 결국 세상을 떠나고 마는데.

대회 운영 본부는 예선전 상위 3명을 팀으로 만들어 전국대회에 내보내기로 한다. 미라, 대위와 한 팀이 된 모리는 기쁜 마음으로 대회를 기다린다.

드디어 전국대회의 막이 오르고, 수도권팀과 충청북도팀의 대결이 시작된다. 한편, 경기장 밖에서는 NOX의 위협이 계속된다.

제갈택은 잔인한 공격을 계속하고, 박일표는 뛰어난 무술 실력을 선보이며 모두의 주목을 받는다. 경기가 끝난 후 고민에 빠진 진모리의 앞에 박일표가 나타나 말을 거는데.

전국대회 준준결승을 앞두고 진모리가 사라진다. 진모리를 기다리는 유미라는 경기장에서 고군분투한다.

전국대회 준결승전이 시작되고 진모리는 박일표와의 대결에 나선다. 같은 시각, 경기장 밖에서는 열쇠를 각성시키려는 상만덕의 공격이 시작된다.

진모리는 박일표와의 경기 중 깨달음을 얻는다. 그리고 박일표와 진모리의 힘은 누군가를 깨어나게 하는데.

드디어 숨겨진 열쇠의 정체가 공개되고, 상만덕은 열쇠의 등장에 기뻐하며 신을 소환한다.

진모리는 제갈택과의 대결 중, 자신에게 내재되어 있던 거대한 힘을 깨닫는다.