דיוויד דוכובני וג'יליאן אנדרסון חוזרים לתפקידם האייקוני כסוכני האף-בי-איי פוקס מאלדר ודיינה סקאלי ויוצאים לחפש אחר ויליאם, בנם המיוחד שנמסר לאימוץ. אך נדמה כי הם אינם היחידים.

ריצ'רד לנגלי יוצר קשר עם מאלדר 16 שנים לאחר מותו, ומיד לאחר מכן מופיעים בביתו מתנקשים, שמנסים לחסל אותו ואת סקאלי. הם נמלטים ועוקבים אחר הרמזים שלנגלי הותיר להם, שמובילים אותם לפרויקט סודי.

צעיר מעיירה קטנה מתנגש עם רכבו בעץ וטוען שהכפיל שלו גרם לו לעשות זאת, ומתברר שהמקרה שלו הוא לא הראשון. מאלדר וסקאלי נתקלים בזוג תאומים מוזרים וחושדים בהם.

אדם מסתורי בשם רג'י נפגש עם מאלדר וסקאלי, וטוען שגורמים עלומים בממשל גורמים לאנשים לשכוח פרטים מסוימים מעברם וכך הם משתלטים על העתיד, וגורם לשניהם לפקפק בזכרונותיהם.

שתי נערות טוענות שתקפה אותן מפלצת. מאלדר וסקאלי מגיעים לבדוק את המקרה ומגלים כי החקירה שלהם עלולה להוביל חזרה אל הבן האבוד שלהם, ויליאם.

סקינר יורד למחתרת לאחר שהעבר שלו חוזר לרדוף אותו. כאשר מאלדר וסקאלי מנסים לאתר אותו, חוסר האמון הגובר שלהם בו מגיע לשיא חדש.

מאלדר וסקאלי נעזרים בשירותים ממוחשבים לכל דבר אפשרי ותלויים בהם כמעט באופן מוחלט, אבל לפתע מתחילות להתרחש תקלות בשירותים הממוחשבים והם מתחילים לתקוף אותם.

בעיירה קטנה בקונטיקט מתגלה גופתו של בנו של שוטר. במשטרה המקומית בטוחים שטרפה אותו חיה, סקאלי בטוחה שרצח אותו פדופיל מקומי, ומאלדר בטוח שמדובר בכישוף, עד מהרה העניינים יוצאים לגמרי משליטה.

מאלדר וסקאלי חוקרים רצח משולש שגורם להם לחשוד שמדובר בסחר באיברי אדם. החקירה מובילה אותם לחיפוש אחר צעירה נעדרת שהצטרפה לכת מוזרה שחבריה מאמינים בחיי נצח, וכל זה יוצר עימות לסקאלי עם אמונתה באלוהים.