Master Splinter og de fire Ninja Turtles er midt i en intens treningsøkt i sitt skjulested langt under gateplan. Plutselig blir de angrepet av en horde Mouser Roboter. De mekaniske udyrene jafser seg gjennom alt: stein, stål, Turtlesl Mouserne raserer hele stedet og Turtles blir avskåret fra Master Splinter Våre fire venner må flykte fra sitt "barndomshjem" og finne sin kjære Master. Men farer truer. Kloakktunneler er I ferd med a kollapse, de må slåss mot gjengen Purple Dragons og noen mystiske ninjaer. Hva er det som foregår? Kan ikke en Teenage Mutant Ninja Turtle ha et normalt liv? Eeh, nei.

Turtles oppdager kilden til Mouser robotene som ødela skjulestedet deres; Doktor Baxter Stockman, en berømt genial oppfinner. Han prøver å få folk til å tro at han har designet Mouserne for å løse byens rotteproblem. Donatello fikser en av de ødelagte Mouserne og Turtles ja.9er den gjennom kloakksystemet. Imens oppdager Stockmans assistent, April O'Neil, en hemmelig underjordisk fabrikk som produserer Mousere i store mengder. Stockman fersker April og sender Mtlusere etter henne. Hun flykter og blir reddet av Turtles som slåss mot Mouserne. Men når April får øye på hvem som har reddet henne, svimer hun av.

April skjønner ikke så mye når hun våkner omgitt av fire digre snakkende Turtles og en rotte som er Zen-Master, men hun roer seg riar hun får høre forhistorien til Teenage Mutant Ninja Turtles. De finner etter hvert ut at de har en felles fiende i Doktor Baxter Stockman og Mouser robotene hans, og det er bare en ting å gjøre: Mose Mousere!

Raphael er kjent for sitt ekstreme temperament, og når han så til de grader lar oppspart frustrasjon gå ut over Michelangelo, foreslår gjengen at han tar seg en luftetur for 9 kjøle seg ned litt. Han drar opp til overflaten og møter Casey Jones, en ensom borgerverner av det hissige slaget. Raphael møter seg selv i døra her, men etter mye om og men, slår de to seg sammen i kampen mot Purple Dragons.

Et prøveprosjekt med mikroroboter går galt. Roboten utvikler sin egen intelligens og slår seg sammen med skurken Harry. Sammen gjør de byen utrygg ved å gjøre innbrudd, blant annet i Aprils antikksjappe. Turtles kommer til unnsetning, men hvordan skal man bekjempe noe som reproduserer seg selv like fort som man knuser det? Det er et spørsmåI Turtles raskt må finne svaret på.

På oppdrag for å sjekke ut en strømstans oppdager våre venner noen Foot ninjaer Stjeler et Japansk seremonisverd fra byens kunstmuseum. Det viser seg at sverdet har uante krefter, og kan sette hele byen i fore med sterke sjokkbølger. Etter hvert oppdager Turtles at sverdet blir koblet til en høyteknologisk kanon. De kjemper mot Foot ninjaene igjen og er samtidig nødt til å uskadeliggjøre sjokkbølgekanonen som truer byen.

Casey Jones gjør seg fort upopulær På besøk hos våre venner, og Rapnael tar han med opp på gatenivå. Der støter de på en gjeng Foot Tech ninjaer forsterket med cyberpanser, som gjør dem sterkere, raskere og i stand til å gjøre seg usynelige. Raph blir kidnappet og forhørt, men Casey klarer a unnslippe og advarer de andre. Raphael klarer etter hvert å flykte, men blir fulgt av en gjeng usynlige ninjaer. Klarer Casey og de andre å finne Rapli før han fører ninjaene rett til skjulestedet?

På en treningsrunde på nattestid oppdager Turtles og Casey en gjeng gjøre innbrudd. En av skurkene er Angel, en ung jente Casey kjenner fra nabolaget. Hun prøver å bli medlem i Purple Dragens. Casey advarer henne mot dette, men ender opp med selv å bli fanqet av Purple Dragons og blir satt opp som førstepremie i en slåssekonkurranse. Det er opp tiI Angel å hjelpe Turtles inn for å redde Casey. De må kjempe mot værstingene i Dragons, inkludert giganten Hun.

Våre venner er gode venner med byens hjemløse, og blir bekymret når de plutselig begynner å forsvinne. Godt detektivarbeid leder dem til Søppelmannen, en diger illeluktende psyko, som kidnapper hjemløse for å bygge sitt imperium ved hjelp av søppel. Kanskje noen bør ta ut søpla!

Shredder prøver å overbevise Leonardo om at han kjemper for den gode sak. Han mener at han fører Bushido og Nin Jutsu tradisjonen videre og at Turtles bør slå seg sammen med ham. Leonardo faller for dette og prøver å overbevise de andre helt til Splinter forteller det han vet om Shredder og Hun, blant annet at de tok livet av Splinters Master, Yoshi. Leonardo innser at han er blitt lurt, og det er ingen god ide å lure en Turtle, spesielt ikke en Teenage Mutant Ninja Turtle.

De fire står mot sin verste fiende noensinne, Shredder. De kjemper hardt, men klarer ikke å stå imot, må flykte, og kommer bort fra hverandre. Kan de overleve hver for seg? Kan de finne sammen i tide til å redde seg selv og slåss mot Shredder? Kanskje, når Master Splinter kommer til unnsetning.

Mikey er glad I gamle monsterfilmer. En kveld han ser en på TV, undersøker Don to krystaller de fant da de flyttet ned I undergrunnen. Når de berører hverandre begynner merkelige ting å skje. Gutta drar ut i den nedlagte undergrunnen for å undersøke. Der kommer de over et nedlagt genlaboratorium som inneholder et gammelt videoarkiv. Ved gjennomsyn av dette viser det seg at det har vært gjort eksperimenter med mutasjon i laben. Mennesker er forvandlet til monstre, men monstrene har rømt. Nå er det Ninja Turtles sin tur til å treffe dem. Fortsettelse følger ....

Monstrene som jaget Turtles i forrige episode kommer nærmere, men turtles overbeviser dem om at de er vennlige. Et av monstrene har fremdeles talens bruk i behold, og han forteller at det er flere monstre under jorden som er ute etter dem. De kan beskytte seg med et kraftfelt som drives med kraft fra krystallene som var utgangspunktet for turen. Men nå er krystallene utbrent. og de må reise ned i de livsfarlige katakombene for å finne nye. Fortsettelse følger ...... .

Turtles og monstrene kommer frem til en underjordisk by, men så forsvinner de etter tur. Til slutt er bare Michelangelo igjen. Han oppdager at et vesen sørger for at de andre blir borte. Vesenet viser seg å være den siste gjenlevende av en gammel underjordisk rase. De tre andre gutta er I fin form. og vesenet har startet en prosess for å gjøre monstrene til mennesker igjen. Men det ønsker at alle skal bli i den underjordiske byen. Det blir kamp mellom gutta og vesenet. Vesenet blir satt ut av spill, og de forvandlede monstrene satt fri. Men bare Ninja Turtles kan forlate byen. På vei hjem finner de ut at de ikke kan bo i hulen sin lenger. April må la dem ba hos seg.

April har fått ny leieboer i kjelleren, men når Donatello går ned for å reparere varmtvannsberederen treffer han et monster som plutselig forsvinner. Det viser seg at leieboeren Kirby er tegner. og han har tegnet en masse monstre som har kommet til liv på grunn av en krystall festet til blyanten hans. Et merkerig speil som har dukket 0p viser seg å være en portal, og donatello og Kirby drar pa oppdagelsesferd i en verden som er skapt på Kirbys skisseblolk.

Ninja Tutles bor hos April. Der finner de seg skikkelig til rette, og April begynner å bli litt lei av å ha dem boende der. Det tar spesielt på med alle ablegøyene deres. Leonardo drar ut på en rekognoseringstur og kommer i kamp med Foot Ninjaene og Hun.

Shredder dukker opp igjen og angriper Aprils leilighet hvor Turtles befinner seg. Shredder tar med seg sine fotsoldater (Foot Ninjaer) og er Turtles overlegne i antall og styrke. Samtidig prøver Turtles å få Leonardo, som er hardt skadd, i sikkerhet. De skjuler seg inne på et gammelt kjølerom. Shredder setter fyr på bygningen i det politiet kommer og Turtles sammen med April og Casey prøver å komme seg ut av kJølerommet, som Shredder har stengt utenfra. Hele bygningen eksploderer og alt håp virker å være ute for Turtles.

Turtles søker ly på bondegården til Caseys bestemor sammen med Casey og April. Leonardo er fremdeles like svak, men kommer seg etter hvert. Vi blir tatt tilbake og får oppleve Leonardo, michelangelo, Raphael og Donatello som barn. Stockman skal imens bevise for Saki at Turtles omkom i smellet siden ingen lik ble funnet. Stockman prøver å utnyttes ituasjonen til sin fordel.

Still recuperating up at Casey's grandmother's farm, the turtles are feeling the sting of boredom. Luckily, a scientist known as the "Monster Hunter" has come to the area searching for a legendary monster...

The Turtles return to New York with one goal in mind: to destroy the Shredder once and for all.

The Turtles and Splinter continue to fight their way up through the Foot Headquarters skyscraper, facing down three misshapen Mutant Shredder Clones, a hallway of traps, and the Mystic Ninja.

With Stockman showing up in the middle of the final battle between our heroes and the Shredder, everything is thrown into chaos ... so much so that our heroes must join forces with the Shredder and Hun to defeat Stockman.

With Splinter mysteriously vanished, the Turtles are feeling frustrated, not knowing where to start looking. Impatient with strategizing, Raph heads off on his own - and straight into trouble, of the mobster kind!

After the frustrated Turtles exhaust their search for Splinter, their suspicions turn to the Guardians, and the trail soon leads them to a non-descript building, the initials of its company name spelling out "TCRI."

The Turtles successfully infiltrate the mysterious TCRI Building, where they manage to sneak into its inner sanctum, and locate the unconscious Splinter inside a stasis tank.