Enquanto Doggett enfrenta dificuldades em sua investigação sobre o vice-diretor Kersh, os agentes encontram uma linda mulher que possui a habilidade de permanecer debaixo d'água.

Doggett tenta descobrir a verdade sobre uma mulher com poderes sobre-humanos que está ligada de alguma maneira a experimentos científicos que estão sendo realizados em um navio da 2ª Guerra Mundial.

Os agentes tentam encontrar uma ligação entre o paciente de um hospital psiquiátrico e bizarros assassinatos satânicos.

Reys sugere que um assassino que feriu gravemente Doggett pode ter vindo de uma dimensão paralela.

O crânio de um adolescente se quebra depois de uma acrobacia idiota. Mas a verdadeira causa foi... Moscas, que aparentemente o devoraram por dentro.

Scully faz amizade com um casal que acredita ter um bebê que possui as mesmas características extraterrestres que o bebê William, e um agente sinistro convence Scully a tentar tirar Mulder da reclusão.

Agente Doggett acorda em uma corrupta e violenta cidade mexicana sem se lembrar de sua verdadeira identidade.

Reyes sente que, de algum modo, ela desempenhou um papel em uma série de macabros assassinatos ocorridos há mais de um século – em que todas as vítimas foram esfoladas vivas.

Enquanto Scully tenta desesperadamente encontrar seu filho, membros de um culto religioso se preparam para entrar em uma espaçonave que eles acreditam abrigar uma manifestação física de Deus.

Depois de sofrer um acidente de carro, agente Reyes se encontra presa em um submundo entre a vida e a morte – e sua única esperança de sobreviver é uma funcionária de hospital que pode transitar entre os dois mundos.

Quando provas de DNA exoneram um assassino que Doggett ajudou a capturar 13 anos antes, Doggett tenta desesperadamente colocá-lo de volta na cadeia antes que ele ataque novamente.

Quando Reyes usa numerologia para conectar os assassinatos de várias mulheres, ela e Scully ficam presas com um misterioso jogador de xadrez que pode ser o assassino.

Um garotinho está no centro de um caso que envolve estranhas criaturas que aparentemente se refugiam dentro do corpo humano.

Quando os Pistoleiros Solitários vão ao socorro de Reyes e Doggett em um caso que envolve Morris Fletcher e um supersoldado, eles se envolvem em uma jornada para encontrar Yves Adele Harlow.

Os agentes prendem um homem cheio de cicatrizes que foi pego invadindo o escritório do Arquivo X e tentam determinar sua verdadeira identidade... Doggett acredita que esse homem seja Fox Mulder.

Um cadete do FBI com um misterioso instinto para solucionar crimes lança nova luz sobre o assassinato não solucionado do filho de Doggett.

Os agentes tentam "ligar os pontos" quando uma série de estranhas mortes estão conectadas a um homem que mora em uma casa que é uma réplica exata da casa da série de TV "The Brady Bunch" - inclusive com os próprios personagens.

Depois de ser acusado de matar Knowle Rohrer, Mulder é julgado pelo Exército dos EUA – e ouve o depoimento de um grupo de testemunhas de defesa que apoiam a alegação de Mulder sobre uma conspiração do governo e a existência de vida extraterrestre. Com a ajuda dos amigos, Mulder foge de sua cela e embarca em uma jornada para encontrar o homem que pode ajudar a desvendar a verdade sobre a c

Quando Mulder tenta entrar sem autorização na base militar de Mount Weaver, ele se envolve em uma briga com um supersoldado que acaba morrendo. Mulder é capturado, acusado de assassinato por um tribunal militar e é categoricamente condenado à morte por injeção letal. Mas Skinner, Doggett e Reyes o libertam da prisão e o aconselham a deixar os EUA com Scully. Mulder não quer desistir da bu