カッセル学院に向かう列車に乗車したミンフェイは、ユルゲン教授から学院の真の目的について明かされる。この世界には太古の昔から「龍」が存在し、人類には龍と戦ってきた長い歴史があった。そして、学院に集められた学生は今もまだ生き残っている龍を滅ぼすことを宿命づけられた「龍殺しの使命」を背負っているのだという。

ミンフェイが学院に到着すると突然、大規模な戦闘に巻き込まれる。怯えていたミンフェイだが目の前でノノが撃たれたことで意を決し、一騎打ちをしていた二人の男子学生に対して反撃を開始する。この二人こそ学院の二大勢力である獅子心会と学生自治会のリーダー、チュー・ズーハンとシーザー・ガットゥーゾであった。

S級のミンフェイの実力を見たいと、ユルゲン教授は最高位の龍文〈皇帝〉を聞かせるがミンフェイは反応を示さない。〈皇帝〉の使い手である黒龍王に対抗できるのは白龍王のみだが、その子孫は滅んだと言われていた。教授たちはミンフェイが白龍王の末裔ではないかと仮説を立てる。

青銅と炎の龍王・ノートンの宮殿を発見したイェ・ションと亜紀は、龍骨を持ち出そうと中に入るが逆に閉じ込められてしまう。知らせを受けたカッセル学院ではA級以上の学生たちを集め、脱出ルートを導くために手がかりになる龍文を解読させようと試みる。

イェ・ションと亜紀の救出が困難だと判明し、苦渋の選択を迫られるラース教授。やむなく撤退しようとした時、亜紀が真鍮の缶を持ち水面に上がってくる。亜紀を助けようとするも、彼女は龍に襲われそのまま水中へと引きずり込まれてしまい…。復讐を誓うラース教授は命を賭した戦いを挑む。

ノノから招待を受けたミンフェイは学生自治会のパーティーに出席する。豪勢な会場内でなぜかリンとタンゴを踊ることになったミンフェイだったが、帰ろうとしたノノを追って会場を抜け出すことに。その頃、学院に不審者が侵入し、アンジェ校長は長らく学院を覆っていた言霊〈戒律〉を解除する。

〈戒律〉が解除され、学生だけでなく侵入者も言霊を使用できるように。侵入者の狙いは、アンジェ校長が持ち帰った骨壺だった。ヴァルハラを守っていたシーザーと図書館を守っていたズーハンの前にそれぞれ侵入者が現れ、言霊を駆使した激しい戦闘が繰り広げられる。

家族を想うノノの姿に自身を重ねたミンフェイは、学生自治会の勧誘を受け入れることに。一方、地下研究所では骨壺の処置を巡ってアンジェ校長と研究者たちが対立していた。厳重に保管されることになった骨壺だが、侵入者の残した溶液によってついにその中身が露わとなる。

学院襲撃の知らせを受け下山を急ぐミンフェイとノノ。道中で13番ことラオタンと再会するミンフェイだったが喜びも束の間、復活した青銅と炎の龍王・コンスタンティンの不安定ながらも強大な力で学院は混乱に陥る。身を隠すミンフェイたちだが、コンスタンティンはある人物を探し求めて彼らの跡を追う。

新たな任務、青銅作戦の決行に向けて学生自治会からメンバーが招集されることに。シーザー、ノノ、リン、ミンフェイのチームに課せられたミッションは、水中にある龍王ノートンの宮殿を爆破することだった。しかし、宮殿内部に到達したミンフェイとノノはそこである違和感に気付く。

宮殿の深部まで探索を進めるミンフェイとノノは、龍王の寝床と思わしき古ぼけた家を見つける。ノノのプロファイリングによると、その場所にはかつてある兄弟が暮らしていたらしい。在りし日の龍王の日常を垣間見る二人だったが、その場所には何者かの気配があった…。

龍王の宮殿に閉じ込められたミンフェイとノノを救うため、フィンゲルが学院から遠隔で脱出ルートを指示する。一方、シーザーたちの乗るマニヤ号はノートンの側近・サムソンの攻撃を受けダメージを負ってしまう。魚雷で対抗しようとするシーザーたちだが、彼らの目の前に現れたノートンはサムソンと融合してしまい…。

破損して錬金弾頭を失ったマニヤ号だったが、シーザーの判断で通常の魚雷のみで龍王と対峙することに。リンの献身とサポートに来たズーハンの協力も得て、龍王との総力戦が始まる。迷宮から無事に脱出したミンフェイとノノはシーザーたちが投下した潜水鐘に乗り込もうとするが…。

ノノが致命傷を負った時、ミンフェイの幻境に再びミンゼイが現れる。絶望的な状況に追い込まれたミンフェイに対し、ミンゼイはある契約を持ち掛ける。そして“力”を手に入れたミンフェイはノートンとの一騎打ちの対決に臨む。

壮絶な戦いの最中、ノートンが親友のラオタンであることに気づくミンフェイ。苦痛に苛まれるミンフェイだったが、深い喪失感とともに決着の時が訪れる。束の間の平穏が戻ったカッセル学院はバレンタインデーで活気づいていたが、ただ一人、アンジェ校長だけがミンフェイを手助けする存在について思いを巡らせていた。