Es ist April 2096 und Tatsuyas Leben verändert sich in vielerlei Hinsicht, während er ins zweite Jahr einsteigt. Tatsuya und Mizuki wechseln in den neuen Studiengang für Zauberentwicklung und auch Mikihiko wechselt von Kurs 2 zu Kurs 1. Außerdem leben Tatsuya und Miyuki nun zusammen mit Minami, die von der Familie Yotsuba zu ihnen geschickt wurde. Tatsuya beginnt das neue Schuljahr in der Hoffnung auf ein friedliches Studentenleben, aber das neue Jahr bedeutet auch die Ankunft neuer Studenten wie Kasumi und Izumi, die Zwillinge der Saegusa-Familie, sowie Shippō Takuma, dem neuen Jahrgangsbesten, der mit der Familie Saegusa verfeindet ist.

Die Klubs suchen auch in diesem Jahr wieder nach neuen Mitgliedern. Robotertechnik-Klub und Biker-Klub geraten beim Werben um einen neuen Schüler aneinander, woraufhin Kasumi vom Disziplinarausschuss und Shippō von der Leitung des Klubverbands einschreiten. Allerdings entbrennt ein Streit darüber, wer die Verantwortung übernehmen soll, und die Situation spitzt sich zu. Unterdessen plant das Oberhaupt der Saegusa-Familie, die von den Nichtmagier-Befürwortern der USNA begonnene Medienmanipulation zu nutzen, um die Macht der Yotsuba-Familie zu schwächen.

Die Vorführung der stellaren Nukleosynthese war ein Erfolg, über den nun vielfach in den Medien berichtet wird. Allerdings glaubt Shippō, dass die Saegusa-Familie Tatsuya benutzt hat, um sich einen guten Namen zu machen, und macht Kasumi dies zum Vorwurf. Das lässt sie sich jedoch nicht gefallen …

Nur einen Monat vor dem bevorstehenden Wettkampf der Neun Schulen wurden Änderungen am Ablaufplan vorgenommen. Drei der Disziplinen wurden durch neue ersetzt, was die SV der Ersten Oberschule dazu zwingt, ihre Strategien und Teilnehmerlisten zu überdenken, sowie neue CADs zu entwickeln. Die plötzliche Änderung ist für die meisten einfach frustrierend, doch Tatsuya findet diese Entwicklung vor allem deshalb besorgniserregend, weil die neuen Disziplinen einen deutlich militärischen Charakter aufweisen.

Während Tatsuya noch mit den plötzlichen Änderungen am Wettkampf der Neun Schulen beschäftigt ist, erreicht ihn eine E-Mail von einem unbekannten Absender. Darin heißt es, die Änderung der Wettkampfdisziplinen sei auf Drängen der JDF hin erfolgt, und die Kudō-Familie wolle sich den Umstand zunutze machen …

Tatsuya hat herausgefunden, dass die Kudō-Familie die Erprobung parasitengesteuerter Roboter während des Schulwettkampfs plant, und sucht nach Möglichkeiten, diesen Plan zu vereiteln …

Die Frauenkategorie des Steeplechase-Cross-Country-Wettkampfs hat endlich begonnen. Tatsuya lässt Pixie den Standort der Parasite Dolls herausfinden und versucht, sie zu eliminieren, bevor sie mit den Teilnehmern in Kontakt kommen.

Der Wettkampf der Neun Schulen ist zu Ende, das zweite Semester hat begonnen. Ayako und Fumiya besuchen Tatsuya, um einen Brief von Maya zu überbringen, der ihnen direkt anvertraut wurde. Darin bittet sie Tatsuya um seine Hilfe bei der Festnahme von Zhou Gongjin.

Um Kudō Retsu zur Kooperation bei der Festnahme von Zhou Gongjin zu bewegen, besuchen Tatsuya, Miyuki und Minami Nara, den Sitz der Familie Kudō. Kudō Retsu nimmt Tatsuyas Angebot bereitwillig an und stellt die Gruppe seinem Enkel Minoru vor.

Nach dem Angriff auf den Dissertationswettbewerb im letzten Jahr schlägt Mikihiko, der Leiter des Disziplinarausschusses, dem Schülerrat vor, in diesem Jahr die Umgebung des Veranstaltungsortes im Voraus zu kontrollieren, um die Sicherheit zu gewährleisten.

Tatsuya und seine Gruppe untersuchen einen Stützpunkt der Traditionalisten in Kyōto, wobei sie mit dem Besitzer eines Restaurants in der Nähe des Kiyomizu-Tempels ins Gespräch kommen, der selbst Mitglied der Traditionalisten ist. Mit dessen Informationen machen sie sich auf den Weg nach Arashiyama.

In der Nacht vor dem Dissertationswettbewerb erfährt Tatsuya von Fumiya, dass Zhou Gongjin sich in einer Versorgungsbasis der JGDF versteckt. Zusammen mit Masaki dringt er in den Stützpunkt ein, um ihn an der Flucht zu hindern.