ルフィの夢の果て──それを初めて知った麦わらの一味。海賊王にならなければムリな夢だ。最後のロードポーネグリフを発見できればラフテルに辿り着けると笑うフランキーに、ロビンは、その手がかりが全くないのだと話す。その頃、海軍は、ルルシア王国に潜伏するサボから革命軍の仲間たちへの通信を傍受していた。コブラ王を暗殺したのは自分ではない、と言うサボ。だが、マリージョアでとんでもないものを見たという。「レヴェリーが行われたパンゲア城……その虚の玉座には──！」サボが何かを伝えようとしたその時、ルルシア王国に落ちる巨大な影が…。そして無数の光の柱が降り注ぎ──ルルシア王国は跡形もなく破壊されたのだった。

数日後、新世界の海を航行するサニー号は空中に浮かぶ巨大な暖水渦に遭遇する。その中から聞こえてくる誰かの悲鳴。ゾロが暖水渦を切断すると飛び出してきたのは最悪の世代の一人、ボニーだった。ルフィは強風に吹き飛ばされたチョッパーを助けるのと同時にボニーも救出るが、その直後、サニー号の真下に不気味な影が現れる……！！

新たな冒険へと出港した麦わらの一味は、海上でサニー号を丸呑みするほど巨大なサメと遭遇する。その勢いでルフィ、チョッパー、そして海中から出て来た謎の少女は海に落下してしまう。悪魔の実の能力者は泳げないため、ジンベエはルフィらを救う為、海に飛び込む。その直後、サニー号を襲っていたサメ型のロボットは、魚雷を放ち、船は転覆。一味もまた海へ落ちてしまう。激しい海流に流され、絶体絶命のウソップ達……。一方その頃、海軍本部Ｇ‐１４支部にある子供部屋では、パンクハザードで救出した巨大な子供達を、大佐たしぎと海兵達が世話していた。そして別の部屋では少佐ヘルメッポと中佐ひばりが、上司である少将プリンス・グルスに黒ひげ海賊団に拉致されたコビーを救出するため、海賊島へと一緒に行ってくれと懇願していた。

しばらく後、とある島へと逃げて来たルフィ、チョッパー、ジンベエは、救出した少女の正体が〝最悪の世代〟のジュエリー・ボニーだと知る。ボニーは辿り着いたこの島が、〝５００年後の未来〟と言われるDr.ベガパンクの研究所がある島・エッグヘッドだと教える。同じ頃、海では、海流に流されたはずのウソップ達が、突如現れた巨大ロボに救出されていた。そのロボットから出てきたのは、見た目は可愛らしい若い女性だった！

サニー号を持った巨大ロボから出て来たのがDr.ベガパンクと知り、興奮するフランキー。ウソップとチョッパーは巨大ロボに興奮し、サンジはDr.ベガパンクが美女であることに興奮する。だがロビンは冷静に活動期間と見た目の年齢が合わないと、戦闘態勢に入っていた。Dr,ベガパンクは本体ではなくPUNK-02、ベガパンク・リリスだと告げ、逼迫した研究費を補充する為に金品をよこせと脅迫。断ると巨大なシービースト・ウエポンが姿を現し、さらに脅迫した。するとリリスにベガパンク・シャカから連絡が入り、ゾロとロビンがリリスを瞬殺できると伝えた。逆にゾロの要求により、ナミ達はエッグヘッドへ上陸する。

一方、一足先にエッグヘッドに上陸していたルフィ、ジンベエ、ボニーは洞窟から地上を目指して移動した。そして地上でルフィ達を待っていたのは未来都市！　ここにも巨大ロボがいて、山積みの食べ物もある。ルフィとチョッパーが食べようとして食べ物の山に飛び込むが、すり抜けてしまう。それらは立体映像だったのだ。さらにかわいい女の子の巨大ロボが現れ、ルフィはそれも立体映像と思ってパンチを入れるが、それは実体の伴った巨大ロボで、ルフィは思い切りパンチを食らった。だが吹っ飛んだ先には、食べたい物を何でも出してくれるマシンがあり、ルフィ、チョッパー、ボニーはそのマシンで次々と食べ物を出し、食べまくる。そんなルフィ達を見ながら女の子のロボは「世界に技術が、資金が足りない！」と、怒りを露にする。ジンベエの「お前さん、一体何者なんじゃ？」の問いに女の子のロボはこう答えた。「雇われの…しがない天才科学者、Dr.ベガパンクだ！！」

世界政府の船がエッグヘッドへ向かっている。船内では、ロブルッチ、カク、ステューシー……サイファーポール・イージス０の三人が話し合っていた。カクがベガパンクについてルッチに説明する。曰く、ベガパンクは自分を『正（シャカ）』『悪（リリス）』『想（エジソン）』『知（ピタゴラス）』『暴（アトラス）』『欲（ヨーク）』の６人に分散したという。それを聞いたルッチは改めて任務を確認する。バーソロミューくまのセラフィムをエッグヘッドへ返し、更にベガパンクを全員消せばいいのか、と。その頃エッグヘッドでは、ルフィ、チョッパー、ジンベエ、ボニーがベガパンクの一人、アトラスと出会っていた。ルフィ達と交流を深めたアトラスは、暴れるのが仕事だからと言って去っていく。

更に街を探検していくルフィ達が未来服に着替えると、そこにやってきたのは警官のような服装をしたバーソロミューくまだった。そのくまはエッグヘッドの警備パシフィスタで、ルフィ達を拘束しようとやってきたのだ。レーザーで攻撃してくるパシフィスタにルフィが反撃しようとすると、そこへボニーが止めに入った。パシフィスタを見つめ、ボニーは言う。「お父さんなんだ……」。自分のたった一人の家族、バーソロミューくまを傷つけないでくれと涙ながらに訴えるボニー。しかしパシフィスタはそんなボニーにも容赦なくレーザーを撃ち込もうとする。ルフィが助けに向かおうとするも、レーザーは発射されボニーは閃光に消えてしまう。一方、新世界のとある海域をロー率いるハートの海賊団が進んでいた。そこへ待ち受けていたのは四皇・黒ひげ。襲い来る黒ひげ海賊団に不敵な笑みを返すロー。黒ひげもまた凶悪な笑みを浮かべ、叫ぶ。「宴の始まりだ！！！」

悪魔の実狩りで次々に仲間たちを能力者に変えてきた黒ひげはロード・ポーネグリフを狙ってローを強襲してきた。シクシクの実の能力者、ドクＱは病を伝染させる。ワプワプの実の能力者、ヴァン・オーガーは瞬間移動。リキリキの実の能力者・バージェスは超怪力。さらにウマウマの実幻獣種・モデル「ペガサス」の馬、ストロンガー。ハートの海賊団は彼らの能力に翻弄され、あろうことかローの体がドクＱによる「女になる病」にかかって女体化。しかもそのローにふれたクルーも同様の現象がおこり、ポーラーダンク号船内は騒然となる。ローはこの病を破るため、覇気を発動する。過剰な覇気に〝能力〟は通じないのだ。覇気によって元に戻ったローはただちに反撃に移った。

ローは能力を駆使して黒ひげを追い詰め、クルーたちは水中戦を仕掛けて黒ひげの船を攻撃する。海軍でも、二人の激突はサカズキに報告されていた。爆発の衝撃に揺れる黒ひげの船の中には、ホールケーキアイランドから拉致されてきたプリンがいた。その拉致にはなんとクザンが関わっていたのである。そして、勝者島ではついにローと黒ひげの一対一の勝負が始まっていた。

くまの姿をしたパシフィスタが、ルフィ、ジンベエ、チョッパー、ボニーを捕らえようと襲い掛かって来る。強烈なレーザー攻撃を繰り返すパシフィスタに、ジンベエは反撃を試みる。しかしその時、ボニーが「待て！」と叫ぶ。ボニーは、たとえパシフィスタであっても、自分の父であるくまの姿をした相手が傷つけられるのを見たくない。ボニーが自身の能力で一同の年齢を操作し、たちまち老人となるルフィ達だったが、おかげでパシフィスタの認証をごまかすことに成功。パシフィスタは去っていく。ボニーは、父は暴君ではなかったと主張し、改造人間化は死刑と同じだと叫ぶ。

一方、麦わらの一味はリリスの操縦するベガフォース０１に乗り、エッグヘッドの研究層へと降り立った。ブルックとサンジは船に残り、他の者は未来服に着替える。ラボへと繋がる自動階段を登っていきながら、リリスは自らの研究について語った。更に先を進んで行くと、エジソンから連絡が入り、「まっすぐ進め」と命じる。するとその先に厳重な扉があり、その扉の向こうに姿を現したのは子供のようなジンベエ。しかし異様な雰囲気を放ち、褐色の肌と黒い翼という、ジンベエにはない特徴を備えている。それはジンベエの姿をしたパシフィスタだった。パシフィスタは一同に襲い掛かって来る。その頃、廊下でシャカが通話している。そのの通話相手は、ドラゴンであった。

セラフィム・Ｓシャークが、ラボ内部のナミたち五人に襲いかかった。ジンベエそっくりのクローン兵であるＳシャークに手を出せないナミたち。だが、攻撃を食らったナミを見て、サンジの怒りが爆発。サンジ、そしてロビン、ウソップ、フランキーは、それぞれ得意技を放って反撃する。その様子を、ドクター・ベガパンクのサテライトであるエジソンたちがモニター越しに見つめていた。ベガパンクは麦わらの一味を相手に、Ｓシャークの戦闘データを収集していたのだ。個性豊かなサテライト＝６人のベガパンクはいがみ合い、言い争い、そして協力しながら作業を続ける。ナミたちとＳシャークの戦いは白熱するが、サテライトの一体であるシャカがやって来て制した。

同じ頃、ルフィはチョッパー、ジンベエ、ボニーとともにスクラップ場に来ていた。山と積まれたベガパンクの発明品の残骸。その中に、古くて巨大なロボットの姿があった。シャカによれば、それは９００年前に実在した高度な文明を持つ“王国”で建造されたものだという……。

ベガパンクのサテライトの一人・シャカは、エッグヘッドのような高い文明を持つ国が900年前に実在していた事をロビン達に語り始める。空白の100年とは現在の世界政府である20の国々とその王国の戦いの歴史であり、世界政府は勝利後、王国のすべてを歴史から消し去ってしまった……。ロビンの故郷であるオハラが壊滅したのも、その王国の存在に気づいてしまったことが理由ではないか？　そう仮説を唱えるシャカに、オハラの文献は失われてしまったのにどうやって王国のことを調べたのか、と詰め寄るロビン。

実はベガパンクは事件後に廃墟と化したオハラを訪れており、その湖で、学者達が自らの命と引き換えに守り抜いた大量の文献を見つけていたのだのだと言う。母達の想いが果たされていた事を知り、涙を溢れさせるロビン。文献は今どこにあるのか、と尋ねる彼女にシャカはオハラで出会った者達について語り始めるのだった。一方その頃、スクラップ場で巨大ロボットを発見してはしゃいだルフィ達は、突然の衝撃と共に現れた謎の老人と遭遇していた……。

ロビンはシャカから「オハラの意志は生きている」と聞いて涙をこぼす。シャカ（ベガパンク）は、オハラが壊滅したバスターコール事件より数か月後に自身が見たことを話して聞かせる。２２年前――。壊滅したオハラを訪ねたベガパンクは湖に沈められた大量の文献を引き上げている数人の巨人族の姿を目撃する。現れたドラゴンによると、彼らは文献の価値を知っており、盗賊ではないという。花を手向ける二人だったが、ドラゴンは今回の事件を機に、軍隊を作ると宣言。その年の内に、ドラゴンはエンポリオ・イワンコフ、バーソロミュー・くまと共に『革命軍』は結成された。一方、ベガパンクは、内密にエルバフを訪ね、オハラの読み解いた世界の謎の研究を進めてきたのだという……。驚愕の過去を知り、唖然のナミ達。そして、ロビンはベガパンクの示唆した全身に包帯を巻いた妙な男とは、亡くなったと思っていた友人・サウロであると気づき、大粒の涙をこぼす。

一方、スクラップ場に来ていたルフィ達とボニー。ベガパンク本体の肥大していたはずの頭がバッサリ切られている理由が、彼がノミノミの実の脳ミソ人間であり、現在はその知識を『パンクレコーズ』に格納し、頭につけたリンゴ型アンテナの通信で受け取っていると知る。一味が出会ったシャカ、リリス、エジソン、ピタゴラス、アトラス、ヨ―クの６人はベガパンクの人格を６分割した分身だったのだ。自身と同じように、いずれは世界中の人類がこのパンクレコーズにアクセスし、体験と知識を同期し、共有できるようにとベガパンクは研究を進めているようだ。だが、科学を前に進めるために父親であるくまを戦闘兵器に変えたベガパンクを責めるボニー。ルフィは、鎮座する巨大ロボもベガパンクが作ったのかと尋ねるが、「こいつは２００年程前に聖地マリージョアを襲っていたという伝説の鉄の巨人！！」とベガパンクは言い放つ！

エッグヘッドのスクラップ場ではベガパンク本人の話が続いていた。そしてルフィ、チョッパー、ジンベエの目の前に佇む巨大なロボットが、２００年程前に聖地マリージョアを襲った伝説の鉄の巨人であることが明かされる。しかもロボットが作られたのは９００年も昔であった。世界政府からは完全な廃棄を命じられたが、科学者達の好奇心がそうさせるハズもなく、ロボットは今に受け継がれ、ここにあるそうだ。つまり政府も知らぬ存在というわけだった。その話をラボフェーズにいたロビン、サンジ、ウソップ、ナミ、フランキー、そしてシャカ、リリスがモニター越しに聞いていた。ロビンは言う。「２００年前……『魚人差別』に動きがあった年……」。シャカは『ベガフォース１』がこの鉄の巨人に習って作ってみた物と明かし、さらにベガパンクの科学力でも鉄の巨人の動力は再現できないと明かし、こう言った。「今の世界の常識を変える程の力が……過去にはあった」と。スクラップ場ではベガパンクが、「私をこのエッグヘッドから連れ出してくれんか」と、ルフィに頼んだ。

一方、ラボフェーズにいたピタゴラスはルッチ達の存在に気づき、シャカに報告する。シャカはルッチ達の入港を拒否し、迎撃態勢を取る。その頃、革命軍の基地があるグランドラインのカマバッカ王国では、修理中だったくまが突然動き出した。ドラゴン、イワンコフ、コアラ、リンドバーグ達が止めるが、くまは無言で走り出す。一方、膠着状態に業を煮やしたルッチは『エッグヘッド失踪事件』についてベガパンクに問いただす。２か月前に『サイファーポールナンバーファイブ』の船が一隻、１か月前に『サイファーポールナンバーセブン』、２週間前に『サイファーポールナンバーエイト』の船がエッグヘッドを訪れたが、一隻も帰還していないのだった。その事実はピタゴラス、リリス、シャカも知らないようだったが、ルッチ達にはＳ-ベアを置いて帰還するように伝える。その頃、カマバッカ王国ではくまがニキュニキュの実の能力で姿を消す。一方、スクラップ場でベガパンクが夢を語っている中、海岸で大きな爆発が起こるのだった。

エッグヘッド近海でサイファーポールの船とシービーストウェポン達が対峙している。撤収を要請するピタゴラスの連絡を打ち切ると、ルッチは船を乗り捨て、Ｓ-ベアの能力を使ってエッグヘッドへ乗り込むと乗員たちに命令する。ＣＰ０達の行動に反応し、一斉に船へと襲い掛かるシービーストウェポン達。サイファーポールの船の大爆発の音は、エッグヘッドのスクラップ場にいるルフィ達の元にも聞こえてきた。問題なくエッグヘッドに降り立ったルッチ達は、都市部を目指して進んでいく。一方その侵入に気付いたシャカは、迎撃のためにセラフィムの出撃を宣言した。スクラップ場のベガパンクもまた自身の命の危機を感じ、ルフィに自分を海に連れて行って欲しいと頼む。

快諾するルフィに喜ぶベガパンクは、気絶したボニーを連れて雲の上にあるラボフェーズに来てくれと言いおいて消えた。その頃、ファビリオフェーズの都市部に辿り着いたルッチ達は、ベガパンクを捜して傍若無人に振る舞いながら先へと進んでいた。そこへ駆けつけてきたのはアトラスだ。「お前ら、これ以上暴れるならブッ飛ばしてやる！！」叫ぶアトラスに、しかしルッチは「遊びじゃねェんだよ」と容赦なく必殺の六王銃を放つ。直撃したアトラスは力なく倒れた。あたりに響き渡る研究員達の悲鳴、更にシャカの避難命令が通達される。大騒ぎの中、アトラスにまだ息があるのを気づいたルッチは止めを刺す為に彼女へと近づいていく。そこへファビリオフェーズを目指すべく走っていたルフィが現れた。ルフィもルッチも、お互いがここにいる事に驚きを隠せない。と、ルフィはルッチのすぐそばに、倒れたアトラスを発見した。「これ、お前がやったのか？」冷めた目で見つめ返してくるルッチに、ルフィは叫ぶ。「おれ達はこいつにメシ食わせて貰ったんだよ！！」一色触発の両者は激しい視線をぶつかり合わせた。

海軍本部――、そこにいるのは苛立っているサカズキ。エッグヘッドにルフィたちがいることに加え、ＣＰ０まで上陸したという。既にボルサリーノがエッグヘッドに向かってはいるものの、サカズキはＣＰ０とルフィたちを絶対に戦わせてはならない、と部下たちを叱咤する。だが、事態は既に手遅れ。ルフィとルッチは互いに能力を全開にして戦い始めていた。ルフィはギア５を発動。その姿は麦わらの仲間たちの多くが初めて見るもので、真っ白い姿で笑い転げるルフィに全員呆気にとられるばかり。仲間たち以上に興奮したのがベガパンクである。ベガパンクは、その反応に驚くナミたちの前でルフィを「神の姿」と呼び、「解放の戦士」「太陽の神ニカ」と称する。それは歴史から消された名前だというのだ。

悪魔の実は、人が望む「進化の可能性」だ、と力説するベガパンク。可能性ではあるものの、自由に望むままであり続けるとおのずと不自然なものにもなりうる。結果、不自然は自然の母「海」に嫌われる。能力者最大の弱点が海なのは、不自然だからだというのだ。ルッチも触発され、ネコネコの実・モデルレオパルドの覚醒フォルムへと姿を変え、戦闘はさらに熾烈になっていた。そのさなか、戦桃丸登場。セラフィム３体とともにベガパンクの依頼でＣＰ０と対峙するが、ルッチの手銃が戦桃丸を貫いた！

激化する戦いの中、ルッチによって背中を貫かれた戦桃丸が倒れる。覇気を弾く覇気でルッチの攻撃を防いだはずだったが、ルッチの攻撃はそれを破ったのだ。ルッチは更なる攻撃を加えようと爪を振り上げる。パシフィスタの威権順位は、ルッチたちよりも戦桃丸の方が上。ルッチがパシフィスタを操るためには、戦桃丸の意識を失わせる必要があるのだ。しかしルッチの攻撃を、ルフィが防ぐ。ルフィはルッチをふっ飛ばし、自分もその反動で回転が止まらなくなり、ドリルのように地面の下へめり込んでいってしまう。

一方、フランキーはジンベエのセラフィム、S-シャークの戦いぶりを見て驚愕する。フランキーの兄弟分であるセニョール・ピンクの能力を使っていたからだ。つまり、元の能力者であるセニョール・ピンクが死亡したということか？　焦り、涙を見せるフランキーだったが、ベガパンクはそれを否定する。ベガパンクは、超人系の場合、能力者の血統因子が手に入ればその能力を複製させられることを発見したのだ。ベガパンクは戦うセラフィムを見て言う。「セラフィムは私が考えうる、科学の最高峰！最強の人類と言える！！」ルフィはルッチとの戦いにケリをつけ、真空ロケットの搭乗口へ向かう。ベガパンクを島から連れ出すと、戦桃丸に約束をしたルフィは、ぎりぎりの所で真空ロケットに乗り込んだ。やがて研究員たちの避難も完了し、工場層は封鎖され、扉が厳重に閉められる。それを見た戦桃丸は、ついに意識を失うのだった。

ドクター・ベガパンク抹殺をもくろむＣＰ０のロブ・ルッチ、カク、ステューシー。戦桃丸が倒され、強力な攻撃力を有するセラフィムは再びＣＰ０のものとなる。ラボのベガパンクはサニー号に乗船する意思をナミたちに告げ、ルフィの到着を今か今かと待っていた。肝心のルフィ達は真空ロケットでラボ内部に到着するも、ベガパンクへの復讐に燃えるボニーが暴走し、どこかへ走り去ってしまう。一方、ＣＰ０はベガパンクの脱出ルートを塞ぐべく、エッグヘッド各所に部下を送り込んでいた。

大海原の上空では、バーソロミュー・くまが猛スピードで飛行していた。レッドラインに到達したくまは赤い壁に激突し、レッドポートに墜落する。

どうすればベガパンクを脱出させられるか？ 知恵を絞るサテライト達。喧々諤々の議論の末、島内にいるもう一人の味方の協力を仰ぐことになる。そんな中、突然フロンティアドームが解除される。この好機を逃すまいと、ＣＰ０は研究層に接近、サニー号の破壊を企てる。

さらには、ベガパンクと麦わらの一味が手を組んだという情報に、海軍の艦隊がエッグヘッドへと迫っていた。

エッグヘッドの雲の上に停泊しているサニー号とベガフォース１を発見した CP0。船を破壊しようと攻撃を放つカクだったが……それを迎え撃ったのは甲板でいびきをかいていたゾロだった。

同じ頃、サテライトがフロンティアドームを復旧。消えたボニーを探していたルフィ達は、ウソップらと無事合流を果たす。研究層に到着するなり、走り去ってしまったボニーは鉄パイプを手に、ベガパンクを追い回していた。

「くまを戻すことはできない」というベガパンクの言葉に怒り心頭のボニーは、悪魔の実の能力でベガパンクを幼児の姿にしてしまう。なぜ父を殺したのかと問い詰めるも、「その理由をボニーに話さない」──そう、くまと約束を交わしたと、決して口を割らないベガパンク。その時ボニーはくまと同じ肉球のマークがついたドアを見つける。止めるベガパンクを振り切ってドアを開けると、不思議な肉球型の物体を目にするのだった。

一方その頃、新世界の海を航行するキッド海賊団は巨人族の総本山・エルバフを発見。そして海軍本部G-14支部では、ある目的のためにガープが動き出していた……！

研究層内のある部屋で肉球型のエネルギー体を見つけたボニー。ベガパンクはそれに決して触れるなと叫ぶ。そのエネルギー体の正体は、バーソロミュー・くまの『記憶』だった。

同じ頃、海兵の攻撃を受けながらも、くまはレッドポートの絶壁を登り続けていた。そして、研究層内にはルッチ達が侵入。サニー号を守るため、ゾロはカクと激しく交戦していた。そこへS‐ベア、S‐スネーク、S‐ホークも襲来し、一気に不利な状況になる。シャカは威権順位が上である自分達がセラフィムに指示を出せれば、戦況はひっくり返ると予測する。

一味のピンチにサンジやフランキーもゾロ達の元に急ぐが、その前にルッチの「ラボを破壊しろ！！」という命令に、S‐ベア達はラボに向かって攻撃を開始する。任務完了を確信するカクだったが、突如ステューシーが首筋に噛みつく。ステューシーはさらにルッチにも噛みつき、二人はその場に倒れる。

突然裏切りの行動に出たステューシーは、ロックス海賊団ミス・バッキンガム・ステューシーの複製人間（クローン）であり、ＭＡＤＳクローン実験成功第１号だと発覚する……！

カクとルッチを眠らせたステューシーは、２０年以上に渡って諜報機関に潜伏していたベガパンク側のスパイであった。その事実に驚く麦わらの一味。だが依然として、セラフィム達の研究層への攻撃は続いていた。攻撃を止めるため、外へ向かうリリスとエジソン。同じくゾロとブルックもセラフィムのところへと急ぐ。一足先に外へ出たリリスは、セラフィム達に命令しようとする。そこにＳ-ホークの刃が迫る。間一髪、ゾロがリリスを助け、Ｓ-ホークと剣を交える。そこへ追いついたエジソンがセラフィム達に戦闘の停止を命じた。だが、停止命令にわずかに間に合わなかったＳ-シャークのビームが、真っすぐエジソンに向かっていた。巻き起こる大きな爆発。エジソンの安否にリリスは悲痛の叫びをあげる。しかしエジソンは、駆け付けたサンジに救われていた。いつもは好戦的なリリスも、この時ばかりは涙を流してエジソンの無事を喜んだ。

ステューシーの助けもあり、エジソンの直接指示で命令は書き換えられ、セラフィムはサテライト達の指示に従うようになった。安堵するサテライト達と一味。一刻も早くベガパンクらを連れ、エッグヘッドから脱出したいルフィ達だったが、事件が起こっていた。ベガパンクの失踪である。

一方、海賊白ひげの故郷であり、新世界の海に浮かぶ島、スフィンクス。そこにはマルコの姿があった。島で起こった出来事について聞いていたのだ。子供達によれば、白ひげの財宝の隠し場所を教えろと、突然海軍が押し寄せてきたのだという。何も知らない島民の命まで奪おうとする海兵達。その危機を救ったのは元七武海、ウィーブルであった。話を聞いて驚くマルコ。すると、そこへウィーブルの母、バッキンが現れ、「海軍大将・緑牛がウィーブルを連れていってしまった」と涙ながらに訴える。島民を助けてくれた事への礼を言うマルコだが、バッキンの目的もまた白ひげの財宝であった。ウィーブルが白ひげの息子であることを疑う様子のマルコに、バッキンはDr.ベガパンクであれば血縁関係を証明できると語る。

その頃、海軍の軍艦とその軍艦に守られながら世界政府の船がエッグヘッドに向かっていた。世界政府の船に乗る、ある人物にお茶菓子を持っていく大将・黄猿。あの人物とは……世界最高権力「五老星」ジェイガルシア・サターン聖だった。

CP0諜報員はベガパンク逃走阻止のため、エッグヘッド工場層を制圧。更なる作戦遂行のため、施設破壊を試みるも、突如レーザー攻撃を受ける。それは、頂上戦争時のプロトタイプを凌駕するパシフィスタマークⅢによるものだった。圧倒的な力で制圧され、連行されるCP0。

一方、傷だらけの戦桃丸は、パシフィスタの動向を気にかけていた。「パシフィスタは…うまくやってるか？」。実は、戦桃丸こそパシフィスタマークⅢを操っていたのだ。ベガパンクの身を案じ、通信を試みるも繋がらず、ルフィに託した戦桃丸は、苦渋の決断を下す。「わいももう…謀反者…！」。全50体のマークⅢを一斉起動させ、ベガパンクの脱出を誓う。

研究層では、ボニーがくまの生み出した不思議なエネルギー体に手を伸ばしていた。幼児の姿にされたベガパンクが必死に止めようとするが、ボニーはそれを振り切って触れる。エネルギー体は発光し、ボニーは草原のような場所に現れる。不思議な声が聞こえ、近づくと、大きな子供が傷つき泣き叫んでいた。その顔を見て、ボニーは愕然とする。「お父さん…………？」。

研究所はベガパンクの失踪に揺れていた。ルフィは研究層を探し回るも、ベガパンクは見つからず、出航は不可能に。シャカからの緊急報告が飛び込む。「フロンティアドームの制御不能…！」。出ようと思えばレーザーで焼かれるというのだ。研究層から出られなくなった麦わらの一味は、ベガパンク捜索を続ける。ルフィとゾロは研究所に残る。そこには、海楼石で拘束され気を失っているルッチとカクの姿。ウォーターセブンを懐かしむルフィ。

一方、モルガンズの船は、空を飛んでいた。「四皇麦わらのルフィ！！ ベガパンクを人質にエッグヘッドに立てこもり、海軍と全面戦争！！！」という、事実とは異なる記事を作成。政府に感謝されるだろうと高笑いするモルガンズ。しかし、ビビが反論する。「ルフィはそんなことをするはずがない！」。ワポルが止めようとするが、ビビは怯まずに抗議する。モルガンズは高笑いしながら言い放つ。「この世界（フロア）を揺らすのはおれだ！ ウソか本当かじゃねェ！ 新聞はエンターテイメントだ！！！」。

ボニーは、エッグヘッドの研究層ルームＮＩＫＹＵでくまの記憶に潜り込む。そこで知ったのは、くまの悲惨な幼少期だった。

一方、麦わらの一味は行方のわからなくなったベガパンクを手分けして探しに出ていた。そんな中、暗躍する怪しい影が一つ。それはピタゴラスを爆破すると、あちこちに仕掛けられているカメコを次々に破壊していく。その影響により、ルフィの通信機が故障。モニター室の監視カメラ映像も次々に見えなくなり、シャカはエッグヘッドの異変に気付いて言う。「研究所内に……誰かいるぞ」

ウソップ、リリス、ヨーク、フランキーのチームは、ベガパンクを探す中で、黒焦げになって倒れているピタゴラスを発見。さらに何者かが近づいてくる気配に、一同に緊張が走る。現れたのは、本体から切り離されたピタゴラスの頭だった。手足を生やし、頭だけで自由に動き回るピタゴラスの頭。誰にやられたのかを尋ねていると、いつの間かヨークの姿が見当たらない。気づくと、ヨークはデレデレした笑顔で、停止状態のS-スネークの頭を撫でていた。

すると次の瞬間、停止命令を出されているはずのS-スネークが動き、ヨークは石にされてしまう。

ウソップ＆フランキー達の前に現われたS-スネークは、ヨークを石に変えると、サテライト達の命令を無視し、攻撃をはじめた。突然の事態に、シャカと連絡を取ろうとするリリスだったが、通信は途絶えていた。

一方、司令室にはS-ホーク、S-ベアが出現する。ルフィ達によって捕らえられていたルッチとカクに剣を振り上げるS-ホーク。間一髪、その攻撃を受け止めたゾロだったが油断のならない状況が続く。そこへ、S-ベアが放ったビームの凄まじい衝撃に、ルフィとシャカが駆け付けた。シャカは戦闘の中止を命令するも、S-ホークらは一切攻撃の手を緩めることなく、ルフィらに迫る。そんな中、目を覚ましたルッチとカクは、なおも止まらぬセラフィムの猛攻に、共闘を持ち掛ける。しかし、ルフィとゾロは露骨に嫌がるのだった。

研究所内の一角では、ＣＰ５、ＣＰ７、ＣＰ８のメンバーとともにDr.ベガパンクが捕らえられていた。一体、何者の仕業なのか？ その頃、大海原を進む海軍の大艦隊は、ルフィ達のいるエッグヘッドへ、刻一刻と迫っていた。負傷した戦桃丸は、エッグヘッドの研究員達に「島から逃げろ」と告げる。戦桃丸はかつてのオハラの悲劇を語り、「あの時以上の事件がここで起きるかもしれない」と予感する。

スパスパの実の能力を使い、ルフィらを攻撃するS-ホーク──果たしてルフィとゾロに勝機はあるのか？

突如命令に背き、攻撃をはじめたセラフィム達。拘束したルッチとカクを守りながらの戦闘を強いられるルフィとゾロは、S-ホーク相手に苦戦する。今は共闘するべきだと提言するカクだが、７人のベガパンクの抹殺という任務を負った彼らの言葉を、ゾロは聞き入れない。

その頃、エッグヘッド各所では行方不明となっているベガパンク本体を探していた仲間達が、セラフィムから攻撃を受けていた。さらにS-ベアもルフィ達に攻撃を開始。ついにルフィ達がルッチとカクを解放すると、４人は一斉に攻撃を放ち、S-ホーク、S-ベアを吹き飛ばすのだった。

一方、新世界のとある島の酒場では、赤髪海賊団が懐かしい旧友達と酒を飲み交わしていた。だが突如、攻撃を受けていると一報が入る。船を出すよう命じたシャンクスは、旧友達に「手伝ってくれるか」と声をかける。その相手は巨人族のドリーとブロギー。この島は巨人族が住む島、戦士の国エルバフだったのだ。シャンクスは、戦闘の前にひとつ伝えろ、と部下に告げる。

「本当に今からおれと戦うか――それとも、ロードポーネグリフを置いて消えるか、『選べ』と！！」そして赤髪海賊団に迫るのは──！？

ルッチ、カクと共闘することとなったルフィ達は、セラフィムに次々と激しい攻撃を叩き込んでいた。しかし、何事もなかったかのように、すぐに立ち上がってくるS-ベアとS-ホーク。その様子を神妙に見ていたゾロは、彼らの特徴がかつてワノ国で対峙したキングに似ていると気づく。

その話を聞いたシャカは、セラフィムはキングの〝ルナーリア族の血〟で強化されていると答える。ゾロは、キングとの戦闘経験から、セラフィムの背中の炎が燃えている間はほぼ無敵だと今更ながらルフィらにアドバイスを送る。「もっと早く気付くべきだったな！！！」と思わずつっこむルフィ、ルッチ、カク。

一方、S-シャークと対峙していたナミだったが、見た目が子供ジンベエであったため攻撃を躊躇う。しかし、ゼウスに鼓舞され、力を合わせて『雷霆』を放つ！ 吹き飛ばされたかに思われたS-シャークだったが、スイスイの実の能力で地面に潜り、再びナミに襲い掛かる。それを食い止めたのはサンジだった。そして、Ｃ棟３階でS-スネークと対峙していたフランキー達は、反撃を試みるも、瞬く間に石化されてしまう。

同じ頃、地下にある『旧〝悪魔の実〟研究室』をひとりで訪れたシャカは、そこで囚われたベガパンク本体とCPのメンバーを発見。「誰と来た？」とベガパンクに尋ねられた次の瞬間、シャカは何者かに狙撃されてしまう……！？

大将黄猿が百隻の軍艦と共にエッグヘッドに向かっている、とステューシーから聞き、驚く戦桃丸。ただごとではない政府の構えに対し、ステューシーはその理由を述べる。一つはベガパンクがオハラの禁じられた研究を受け継ぎ、その先へ進んでいたこと、もう一つはオハラになかった戦闘力がエッグヘッドにはあることだった。戦桃丸は研究員、作業員達にエッグヘッドからの避難を急がせる。

一方、研究所のＣ棟３階では、ウソップとリリスを石化したS-スネークにフランキーが怒りを露わにしていた。しかしS-スネークは気にも留めず、ピタゴラスにとどめをさす。そして、S-スネークは次のターゲットをフランキーに定め、ゆっくりと歩を進めるのだった。

Ａ棟２階ではロビンとチョッパー、アトラスがベガパンクを探しながらもナミ達を心配していた。そんな中、アトラスは現在、封鎖している研究室があると言い、ロビン達はその研究室へと向かう。Ａ棟３階では、ナミ達を襲うS-シャークから、サンジが守っていた。そしてＡ棟４階では、ルフィとゾロが、ルッチとカクの命を狙う、S-ホーク、S-ベアと戦っていた。だがその戦いの中で、S-ホークが姿を消す。S-ホークを追って走り出すゾロ。そのゾロのあとを、さらにカクが追うのだった。

これらが「エッグヘッド事件」の一部始終であったが、事の発端は三か月前に遡る。

聖地マリージョアへ何者かから、「ベガパンクが空白の100年の研究をしている」と密告がある。その調査の為にＣＰ５が派遣されたが、証拠は見つからなかった。さらにＣＰ７、ＣＰ８も続いたが、帰還した者はいなかった。五老星と何者かの会談後、ベガパンクの裏切りは明白となり、五老星はベガパンクの暗殺に踏み切る。任務を受けたＣＰ０のルッチ達が出航。五老星はベガパンクの反撃を想定し、自らの出航を決定、護衛に大将黄猿と各支部の援軍を従え、戦争の様相でエッグヘッドへと向かった。

しかしそこへ現れたのが四皇・麦わらのルフィの船であった。この翌日に迎える事件の結末は世界に思いもよらぬショックを与えることとなる。そしてアトラスの言っていた地下の研究室では、頭部を撃ち抜かれて煙を上げているシャカの近くを、何者かが歩いていた……。

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