Robin, Aqualad ve Kid Flash, Cadmus'a girer ve onun Genomorphs tarafından yönetildiğini bulur.

Yardımcılar, Superboy olarak bilinen bir Superman klonu bulur. Gişe Rekortmeni ile savaşırken onu Cadmus'un kontrolünden kurtarırlar.

Speedy yeni ekibe katılmayı reddettikten sonra Robin, Aqualad ve Kid Flash, Young Justice'in sadece büyük bir şaka olduğundan korkar... yeni üye Miss Martian ise bunun bir parçası olmasına yer olmadığından korkar. Dört kahraman ve Superboy, Mister Twister ile karşı karşıya geldiklerinde, görünüşe göre tüm korkuları gerçekleşmiş gibi…

Genç Adalet, Batman yönetimindeki ilk resmi görevine çıkarken, ekibe hangisinin liderlik edeceğini belirlemeye çalışır.

Superboy'un Superman ile ilişkisi olmamasından duyduğu öfke kontrolden çıkıyor. Black Canary ile antrenman yapmayı reddediyor ve takım, Justice League'in bile yenmekte zorlandığı bir rakiple karşılaştığında, Boy of Steel haydut oluyor.

Green Arrow'un yeğeni Artemis, Young Justice'e katılır ve genç ve parlak bir bilim adamını League of Shadows'tan kurtarması gerekir.

Ekip, Kent Nelson'ın (eski adıyla Doctor Fate) ortadan kaybolmasını araştırırken, bilim adamı Wally West, ultra güçlü Kader Miğferi için Abra Kadabra ve Cadı Çocuk Klarion ile savaşırken sihre olan inancıyla yüzleşmek zorunda kalır.

Ekiple birlikte feci bir görevden sonra Aqualad, hayallerindeki Aquagirl ile yüzey dünyasında bir yaşam ile dalgaların altında bir yaşam arasında seçim yapmak için Atlantis'e geri döner. Ancak oyundaki diğer güçler, Aqualad'ın onun adına karar vermesine neden olabilir.

Young Justice, birbirlerini ve Bialya'daki son kader görevini de içeren hayatlarının son altı ayını unuttuklarını keşfeder. Ekip, Superboy için çok geç olmadan anılarını kurtarmak için Bayan Martian'a döner.

Red Arrow, League of Shadows'un bir savaş başlatmasını engellemek için dünyanın en tehlikeli suikastçılarına karşı tek başına, daha da tehlikeli biriyle beklenmedik bir ittifak yapmak zorunda kalana kadar. Aqualad, Red Arrow'u ekipten yardım istemeye ikna edemez.

Superboy ve Bayan Martian, Belle Reve Hapishanesi'nde kılık değiştirir.

Adalet Dağı saldırıya uğradığında, Artemis ve Robin (süper güçleri olmayan iki genç) Ekibi (hatta kendilerini) bilinmeyen işgalcilerden kurtarabilecekler mi?

The Cave'in evinin işgal edilmesinden sonra çoktan tükenmiş ve sarsılmış olan ekip, arkadaşları ve liderleri olan Aqualad'ın kendilerini riske atan hayati bilgileri sakladığını öğrenir. Batman, insanlara saldıran silahlı hayvanlara dair tuhaf raporları araştırmak için Ekibi ve yeni "den-anne" Captain Marvel'ı Hindistan'a gönderdiğinde, Aqualad parçalanmış ekibini bir araya getirebilecek mi?

Bitki Yaratıkları dünyanın dört bir yanındaki büyük şehirlere saldırdığında ekip, Adalet Ligi ile birlikte mücadeleye katılmak için can atıyor. Bunun yerine, Batman onlara daha da tehlikeli bir görev verir - bitkilerin sahiplerini ortadan kaldırmak: süper kötü adamlardan oluşan gizli bir topluluk: Adaletsizlik Birliği!

Ekip, robotun köstebek olup olmadığını kesin olarak öğrenmeye kararlı Red Tornado'nun peşindedir - bu, yeni arkadaş Zatanna'yı kaçırıp arayışlarına onu da sürüklemek anlamına gelse bile!

Superboy'un "Sphere"i şaşırtıcı bir değişim geçirerek New Genesis'in ebediyen insanlarıyla bir bağ olduğunu ortaya çıkarır.

Cadılar Bayramı. Artemis ve Zatanna, bir kız gecesi için Manhattan'dalar. Orada bir sırrı olan ölümcül Harm ile karşılaşırlar.

Gezegendeki her yetişkin ortadan kaybolduğunda, dünyadaki en güçlü beş büyücüyü yenmek için yalnızca ekip, Zatanna ve Billy Batson kalır. Sonunda Zatanna resmi olarak ekibe katılır ve Zatara yeni Doctor Fate olur.

Wally West, nihayet Adalet Ligi'nin yanında savaşmak için doğum günü dileğini gerçekleştirmeye çok yaklaştı. Bunun yerine, büyük ölçüde hayal kırıklığına uğramış Kid Flash görevden alınır ve basit bir teslimat işiyle görevlendirilir. Ancak yol boyunca doğum günü çocuğunu birkaç ölümcül sürpriz beklemektedir.

Qurac'ta Kraliçe Arı'ya karşı gizli bir operasyon, Bayan Martian'ı en sonunda en büyük korkuları ve en büyük sırlarıyla yüzleşmeye zorlar. Ama bu sırları arkadaşlarına açıklayacak mı yoksa sakladığı şeyin tüm ekibi alt etmesine izin mi verecek?

Superboy, çok gizli genetik laboratuvarının başka bir Süper klon yaratmış olabileceğini öğrendiği Cadmus Projesi'ne geri döner.

Red Arrow'un dönüşü, Artemis'in güvenini sarsarken, takımın Sportsmaster'ın izini sürme görevi onun en karanlık sırlarını açığa çıkarmakla tehdit eder.

Ekip, Avrupa çapında silah teknolojisi çalan bir hırsızı bulmak için Haly Uluslararası Seyahat Sirki'nde kılık değiştirir. Ancak buldukları tek şey bir hırsız değildir…

Ekip yeni bir üye ve yeni bir görev edinir - sonunda Ekibin tüm sırlarını ve tüm yalanlarını açığa çıkarabilecek bir görev!

Ekip sonunda aralarındaki hainin kimliğini öğrenerek daha önce karşılaştıkları tüm düşmanlardan daha tehlikeli bir düşmana karşı savaşmaya zorlar!