La protagonista d'Utena és la Utena Tenjo, una noia que de petita va conèixer un príncep, el qual li va donar un anell i va prometre que un dia aquest mateix anell faria que es retrobessin. LaUtena va quedar tan impressionada d'aquella trobada que amb el temps va voler ser ella mateixa un príncep. La història comença quan la Utena comença a estudiar en l'elitista Acadèmia Ohtori, sabent que el seu príncep possiblement el trobaria allí. El fet que la Utena vesteixi com un noi, tingui un caràcter molt més directe i rebel que la resta de noies, a més d'un rendiment superior al dels nois en gairebé qualsevol esport, juntament amb un físic destacable, fan que la Utena sigui una de les alumnes més admirades, i no trigarà a cridar l'atenció dels Membres del consell d'estudiants, els quals formen part de l'elit de l'acadèmia.

In a vast and mysterious multiverse with fantastic alternative realities, a metaphysical entity has a whole plan behind it, in order to protect the timeline of an island using a book that can see the past, present and future as if it were a full script.