L’histoire nous emmène dans la vie de Shirô Emiya, un jeune homme élevé par un mystérieux magicien après la mort tragique de ses parents. Shirô est devenu un lycéen solitaire capable de réparer les objets d'instinct et de lancer quelques sorts. Au cours d’une nuit mouvementé, il est entraîné dans une féroce bataille entre deux magiciens mais Shirô réussi à invoquer Saber, une redoutable épéiste pour le protéger. Il se retrouve alors dans une guerre impitoyable pour la quête du Saint Graal, une relique qui exaucerait les vœux.
Tous les dix ans, sept magiciens s'affrontent avec leur servant dans une guerre secrète afin de posséder le Saint Graal. À l'issue de ce combat, le magicien vainqueur aura le droit de voir un souhait exaucé. Emiya Shiro est un jeune lycéen ordinaire si ce n est qu'il est l'enfant adoptif d'un magicien très puissant décédé. Emiya ne possède pas le talent de son père mais cultive un pouvoir bien spécifique, celui de pouvoir réparer les objets. Seulement, le jour où il se retrouve aux prises d'un combat opposant deux magiciens, il va réveiller le pouvoir qui sommeille en lui sous la forme d'une jeune femme à la beauté aussi dévastatrice que sa puissance : Saber. L'ordre des sept magiciens est désormais réuni, la guerre peut commencer.
Fate/Zero se déroule dix ans avant les évènements de Fate/stay Night qui raconte en détails ce qui s'est passé lors de la quatrième guerre du Saint Graal dans la ville de Fuyuki. À la suite de trois guerres sans vainqueurs, la quatrième guerre débute enfin…
Cette guerre se fait affronter par les familles Einzbern, Matō, et Tōsaka depuis des siècles. Bien que Kiritsugu qui est au côté de Saber, ait longtemps désiré être un héros aux yeux de tous, il a définitivement abandonné le Saint Graal lorsqu'il a réalisé que ceci entraînait forcément la mort d'une autre vie. Pour le bien de l'humanité, il sera prêt à détruire quiconque se mettra en travers de la paix.
Ve siècle, île de Bretagne. Alors que l'Empire romain s'effondre et que le christianisme s'impose peu à peu face aux dieux païens, le royaume de Kaamelott s'organise autour de son souverain, le roi Arthur ; entouré de ses fidèles chevaliers, il s'attelle à la mission que les Dieux lui ont confié : rechercher le Saint Graal. Mais cette quête s'annonce plus que difficile, car Arthur est très mal entouré. Ses chevaliers de la Table Ronde sont un faible renfort contre les défis qui se dressent sur la route : peureux, naïfs, stupides ou au contraire violents, archaïques et désordonnés, les troupes de Bretagne ne comprennent pas l'enjeu de la quête du Graal et peinent à se rendre utiles. L'entourage familial du roi n'est guère plus sensé : son quotidien déjà bien chargé est parsemé de conflits avec sa femme Guenièvre ou sa belle-famille.
Hakuno Kishinami se réveille sans aucun souvenir au beau milieu d'une guerre féroce dont l'enjeu est le Saint-Graal. Malgré sa confusion, il doit se battre pour survivre.
Le grand magicien Merlin est de retour à Camelot après des années d'absence. Le Royaume est vulnérable depuis le vol du Saint-Graal. Et le sauvage Rauskaug et la diabolique Dame du Lac en profitent. Avec l'aide de Jack, un voleur aspirant sorcier, Merlin se met en quête du Graal...
Sœur Simone fait équipe avec son ex petit-ami dans un périple autour du globe dont le but est de détruire Mme Davis, une puissante intelligence artificielle.
Séparées par le temps, mais unies par un même destin, les vies d'Alaïs Pelletier, à Carcassonne au 13ème siècle, et du Dr Alice Tanner, de nos jours, sont liées. S'efforçant de cacher un précieux secret, Alaïs découvre qu'elle ne peut faire confiance à personne, et encore moins à sa manipulatrice de sœur, Oriane. Quant à Alice, elle doit faire face à une course contre la montre pour réunir les pièces curieusement familières d'un puzzle représentant son histoire longtemps enterrée...
In a Holy Grail War, Mages (Masters) and their Heroic Spirits (Servants) fight for the control of the Holy Grail—an omnipotent wish-granting device said to fulfill any desire. Years have passed since the end of the Fifth Holy Grail War in Japan. Now, signs portend the emergence of a new Holy Grail in the western American city of Snowfield. Sure enough, Masters and Servants begin to gather...
A missing Servant class... Impossible Servant summonings... A nation shrouded in secrecy... And a city created as a battleground.
In the face of such irregularities, the Holy Grail War is twisted and driven into the depth of madness. Let the curtain rise on a masquerade of humans and heroes, made to dance upon the stage of a false Holy Grail. This is a Holy Grail War covered in lies.