Mega Tokyo 2032: per contrastare la mega-corporazione Genom ed i suoi cyborg detti "boomer", che spesso vanno fuori controllo, viene costituito un nuovo gruppo di difesa fuorilegge che combatte il crimine sotto il nome in codice Knight Sabers. Le componenti di questo team sono quattro spietate e sensuali ragazze: Priss, Linna, Sylia e Nene, tutte armate ed equipaggiate con "Hardsuit", potenti armature potenziate. Ovviamente le vicende sentimentali delle quattro ragazze si intrecceranno spesso nel loro "lavoro", spesso ostacolato anche dalla polizia.

La storia narra di un samurai senza nome, in possesso di una spada benedetta in grado di dissipare il male. Un giorno sulla sua terra arriva Aku, un demone nero, figlio del Male Puro. Aku possiede potenti poteri magici e porta corruzione, morte e distruzione sulla terra. Il samurai, che possiede l'unica arma in grado di distruggere il potentissimo essere, si fa avanti per annientarlo e così il mostro, impotente contro la spada, poco prima di essere distrutto, spinge il guerriero in un vortice spazio-temporale che lo invia nel futuro, in un mondo ridotto a una distopia, abitata da creature stravaganti. In questo grottesco mondo futuristico Aku è ancora più potente e domina su ogni angolo del pianeta, imponendo a tutti la sua crudeltà. Nel corso dei diversi episodi della serie Samurai Jack vaga per la terra cercando di sfuggire ai cacciatori di taglie e di trovare un varco temporale che lo riporti al momento in cui Aku era meno potente e stava per essere sconfitto.

2047: il volto della Terra è completamente trasformato e le regole di una volta sono ormai carta straccia. Dopo più di trent'anni dall'arrivo di diverse razze aliene sulla Terra, il paesaggio è completamente sfigurato e reso quasi irriconoscibile dalla terraformazione degli invasori. Defiance, eretta su quello che è rimasto della città di St. Louis, è un baluardo di pace ed equilibrio ed è proprio qui che si snodano le vicende dei protagonisti della serie.