تجري احداث هذه القصة في ايدو المعروفة حاليا بطوكيو عندما تحتل مجموعة من الفضائين يعرفون بالامانتو الأرض في نهاية عصر الايدو ويحاول الساموراي التصدي لهم لكنهم يفشلون بذلك، فيصدرون الامانتو قانون يمنع الساموراي من حمل سيوفهم في الأماكن العامة. القصة تركز على ساموراي رصاصي (فضي) الشعر يدعى ساكاتا جينتوكي مساعديه شينباتشي والفتاة الفضائية كاجورا الذين يقومون باعمال حرة لكسب المال لتسديد ايجار منزلهم ولكن ينتهي بهم الأمر دائما إلى عدم كسب أي شيء.

Commanding shoguns and samurai warriors, exotic geisha and exquisite artisans—all were part of the Japanese “renaissance”; a period between the 16th and 19th Centuries when Japan went from chaos and violence to a land of ritual refinement and peace. But stability came at a price: for nearly 250 years, Japan was a land closed to the Western world, ruled by the Shogun under his absolute power and control. Japan: Memoirs of a Secret Empire brings to life the unknown story of a mysterious empire, its relationship with the West, and the forging of a nation that would emerge as one of the most important countries in the world.