בעולם בדיוני, יפן נכבשה על ידי מין חייזרים בשם אמאנטו. עידן הסמוראים נפל, והעולם הפך להיות טכנולוגי, מושחת ובעיקר מוזר. אותם סמוראים נמצאים תחת איסור שימוש בחרבות, ותחת השפלה ובושה. הסיפור עוקב אחרי סאקאטה גינטוקי, סמוראי לשעבר עם עבר מסתורי ואפל. גינטוקי וחבריו (או יותר נכון לומר- עובדיו) שימורה שינפאצ'י וקאגורה עובדים בעבודות מוזרות ומשונות ברחבי יפן כדי להשיג את הכסף אליו הם כל כך משתוקקים. תהיו בטוחים שהם יכנסו להמון צרות ושטויות, והרוב יהיה באשמתם...

Commanding shoguns and samurai warriors, exotic geisha and exquisite artisans—all were part of the Japanese “renaissance”; a period between the 16th and 19th Centuries when Japan went from chaos and violence to a land of ritual refinement and peace. But stability came at a price: for nearly 250 years, Japan was a land closed to the Western world, ruled by the Shogun under his absolute power and control. Japan: Memoirs of a Secret Empire brings to life the unknown story of a mysterious empire, its relationship with the West, and the forging of a nation that would emerge as one of the most important countries in the world.