La storia ha luogo nel Giappone del periodo Edo dopo che gli Amanto, un insieme di razze aliene provenienti da diversi pianeti, hanno invaso la terra proibendo l'uso della spada e causando così la progressiva caduta dell'epoca dei samurai. Una delle poche persone che possiedono ancora l'anima e la forza dei samurai è Gintoki Sakata, il capo di un agenzia tuttofare composta anche da Shinpachi Shimura e una ragazza aliena di nome Kagura.

La serie è composta prevalentemente da episodi autoconclusivi, alcuni dei quali contenenti anche parodie di personaggi e situazioni di altri manga o anime.

Commanding shoguns and samurai warriors, exotic geisha and exquisite artisans—all were part of the Japanese “renaissance”; a period between the 16th and 19th Centuries when Japan went from chaos and violence to a land of ritual refinement and peace. But stability came at a price: for nearly 250 years, Japan was a land closed to the Western world, ruled by the Shogun under his absolute power and control. Japan: Memoirs of a Secret Empire brings to life the unknown story of a mysterious empire, its relationship with the West, and the forging of a nation that would emerge as one of the most important countries in the world.