2050年代初頭、突如出現した未知の生命体｢オラクル細胞｣は、地球上のあらゆる対象を｢捕喰｣しはじめた。全てを喰らい、凶暴な生命体として多様に分化を遂げるその存在を、いつしか人は、畏怖を持って｢アラガミ｣と呼んだ。既存の兵器はアラガミの前に一切効果が無く、人類は徐々に生息圏を奪われていった。そんな人類に一筋の光明がさす。オラクル細胞を埋め込んだ生体兵器｢神機｣が開発され、それを操る特殊部隊、通称｢ゴッドイーター｣が編成された。荒ぶる神々に虐げられた世界で、｢神を喰らうモノ｣の明日なき戦いの幕があがる――。