这是一部经典的美国的动画片。一天，一家工厂泄漏的有毒化学物质流到了纽约市的地下水道，这些化学物质令到四只平凡的小海龟发生了基因突变，变成了像人一样能站立行走的人形海龟，他们分别是米开朗基罗、达芬奇、拉斐尔和多纳泰罗，而一位忍术了得的日本忍者斯普林特也因为接触到这些物质而 变成了一只人形的老鼠。海龟们拜斯普林特为师傅，学习忍术和功夫，并在电视台记者范宝儿和爱玛的帮助下，与住在地层地下企图统治世界的克朗和他爪牙施莱德展开了一场又一场斗争。

《忍者龟》新系列的故事发生在纽约曼哈顿，在热闹的市区的地下水道里，生活着主人公：四只少年忍者龟和一只六英尺高的老鼠——他们的老师斯普林特。 某一天，作为人类的斯普林特不幸遭受了一种神奇绿色物质的辐射，变异成了一只老鼠，而他随身携带的四只宠物龟也开始发生了变化......

The Turtles — Leo, Raph, Donnie and Mikey — each will go it alone for the first time. Faced with new threats and teaming up with old allies, the Turtles will discover who they really are when they don’t have their brothers at their sides.

在纽约，有一只名叫斯普林特的老鼠，它的师傅是一位功力很深的忍者，是几个世纪以来修炼忍者功夫者中最伟大的一个，斯普林特是他养的一个宠物，在和滨户良在一起的日子里，斯普林特通过观察和模仿滨户良练功时的动作，学会了忍术。在施瑞德杀死滨户良的那一刻，斯普林特曾奋力反抗，但是毫无作用。他被扔下了楼。

在滨户良被杀后没几天，斯普林特在路上遇到了一辆装有毒化学物质的卡车飞快的行驶着，卡车差一点撞到一位正在过马路的盲人，路边的一个孩子为了救盲人，手上抱着的四只宠物龟掉在了地上，和卡车上翻滚下来的一瓶神秘液体一起被冲进了下水道。出于好奇，斯普林特在下水道找到了四只沾染了神秘液体的乌龟。但是这些化学物质令四只平凡的小乌龟发生了基因突变，变成了像人一样能站立行走的人形乌龟，他们分别是达芬奇、拉斐尔、米开朗基罗和多纳泰罗，于是斯普林特以父亲的身份抚养这四只乌龟，并且传授他们忍术。并在艾普利尔小姐与凯西的帮助下，与住在地层地下企图统治世界的施莱德展开了一场又一场斗争。