Membros da agência Monarch enfrentam monstros gigantescos, incluindo o poderoso Godzilla, que entra em choque com Mothra, Rodan e seu maior inimigo, King Ghidorah, o monstro de três cabeças. Essas antigas superespécies disputam a supremacia, deixando a própria existência da humanidade em risco.

O famoso monstro embarca em uma viagem ao redor do mundo e luta contra diversas outras criaturas em batalhas decisivas.

Os astronautas Glenn e Fuji investigam o Planeta X quando encontram alienígenas misteriosos chamados Xiliens. Após contato com os estrangeiros, a Terra se compromete a ajudar o povo do Planeta X contra Monstro Zero. Como Glenn investiga, ele se apaixona pela senhorita Namikawa e descobre as verdadeiras intenções dos Xiliens.

No futuro distante de 1999, todos os monstros da Terra foram capturados e detidos nas Ilhas Ogasawara. Tudo está bem no sistema solar até uma raça de alienígenas mulheres controlarem os monstros e liberá-los, causando estragos em todo o mundo. Godzilla ataca Nova Iorque; Rodan invade Moscou; Mothra devasta Pequim; Gorosaurus destrói Paris; e Manda ataca Londres!