三頭龍王者基多拉從地底長眠中甦醒，並召喚隱藏在世界各地的巨大怪獸，使全球陷入末日毀滅危機。長期蟄伏在深海底的哥吉拉，也感受到基多拉的邪惡力量，於是回到地表正面迎戰基多拉，為地球的霸權而戰…

多年以前，人類以超級戰艦「轟天號」在南極擊敗了數度毀滅城市的怪獸王「哥吉拉」，並且將哥吉拉封印在南極的冰層下。但是地球除了哥吉拉以外，其實還有許許多多的怪獸正對著世界各大都市虎視眈眈。於是人類成立了專門對付各種怪獸的「地球防衛軍」。而地球防衛軍最強大的成員，就是當年封印哥吉拉的「轟天號」以及其艦長「道格拉斯·戈登上校」。 此外，為了應付怪獸對人類造成的困擾，地球防衛軍特別甄選出了有特殊能力的人類，由於這些人類擁有普通人類所沒有的「M染色體」，使得他們擁有比普通人更強大的體能跟敏捷性能夠應付怪獸的攻擊，因此他們被稱為「超人類」，而超人類當中的佼佼者就是「尾崎真一少尉」。 就在不久之前，人們發現了一隻巨大怪獸的遺骸，經過調查後發現這隻怪獸擁有機械跟生物的本質，眾人認為能夠將生物跟機械結合起來的這隻怪獸應該來自於外太空。不久，尾崎真一收到來自嬰兒島「小美人」的警告，這個怪獸是當年被「魔斯拉」給封印的「蓋剛」，而蓋剛的出現代表著人類的危機即將到來。

Astronauts Glenn and Fuji investigate Planet X and encounter mysterious aliens known as the Xiliens, who ask Earth's people to help save their world from "Monster Zero". In exchange for borrowing Godzilla and Rodan, the Xiliens offer a cure for cancer. As Glenn investigates, he develops a romance with Miss Namikawa and uncovers the Xilien's true intentions.

At the turn of the century, all of the Earth's monsters have been rounded up and kept safely on Monsterland. Chaos erupts when a race of she-aliens known as the Kilaaks unleash the monsters across the world.