Nanase Haruka liebte es, im Wasser zu sein und zu schwimmen. In der Grundschule haben Nanase Haruka, Tachibana Makoto, Matsuoka Rin und Hazuki Nagisa zusammen Schwimmunterricht gehabt. Viel Zeit ist seitdem vergangen, und Haruka hatte ein ereignisloses Leben als Oberschüler, bis er plötzlich Rin wiedertrifft. Rin fordert Haruka zu einem Wettschwimmen heraus und zeigt ihm, wie viel besser er geworden ist. Bald stoßen auch Makoto und Nagisa wieder hinzu, und gemeinsam mit ihren neuen Klassenkameraden Ryugazaki Rei gründen sie den Iwatobi-Schwimmclub an ihrer Schule neu.

Sogoru Kyou ist ein ganz normaler Oberschüler, der in Maihama zur Schule geht. Doch eines Tages beobachtet er in der Schwimmhalle seiner Schule eine geheimnisvolle Schönheit, die sich vor seinen Augen quasi in Luft auflöst. Kurz darauf findet er sich mit ihr zusammen in dem Kampfroboter Zegapain wieder und muss einen Feind namens „Gards-Orm“ abwehren. Das Mädchen, welches sich selbst als Shizuno vorstellt, behauptet, dies alles wäre ein Computerspiel der neuesten Generation. Um Shizuno in einem PR-Video für seinen Schwimmklub als Hauptdarstellerin dabeizuhaben, erklärt sich Sogoru bereit, gegen die Gards-Orm zu kämpfen. Doch schon bald muss er sich die Frage stellen, was nun Realität ist und was nicht.

Higashigaoka High School’s male swimming club presently has only three second-year members – leader Sakaki Shuhei, Shinozuka Daiki and Koganei Haruyoshi. They welcome the new school year with the aim of getting members.