La historia gira en torno a Haruka Nanase, un muchacho al que siempre le ha gustado sumergirse en el agua y nadar. Antes de graduarse de la escuela primaria, participó en un torneo de natación junto a sus compañeros del club: Rin Matsuoka, Makoto Tachibana y Nagisa Hazuki. Tras conseguir la victoria cada uno de los chicos siguió su propio camino.

El tiempo ha pasado y tras llevar años sin verse, su amigo Rin, que se marchó al extranjero y ahora ha regresado, reta a Haruka a una competencia de natación para demostrarle lo mucho que ha mejorado con los años. Haruka no tiene intención de que eso acabe ahí, así que reúne a Makoto y Nagisa, sus viejos compañeros del club de natación de primaria al que también pertenecía Rin y a un nuevo miembro llamado Rei Ryugazaki para formar el club de natación del instituto Iwatobi para poder vencer a Rin y a su nuevo equipo de un instituto rival.

La historia trata sobre Sogoru Kyo, un chico de instituto el cual se ve envuelto (sin saberlo él) en un misterioso mundo lleno de robots y en el que tiene que combatir contra sus enemigos, los Gards-Orm. Para lograrlo cuenta con la ayuda de Misaki Shizuno y sus otros compañeros de Celebrum. ¿Podrán salvar el mundo de Zegapain?

Higashigaoka High School’s male swimming club presently has only three second-year members – leader Sakaki Shuhei, Shinozuka Daiki and Koganei Haruyoshi. They welcome the new school year with the aim of getting members.