Free! gira en torno a los miembros del equipo de natación de un chico de secundaria. Cuatro niños, Haruka, Makoto, Nagisa y Rin, participaron en un torneo de natación poco antes de graduarse de la escuela primaria y luego se separaron. Años más tarde, se reúnen cuando Rin desafía a Haruka a una carrera y gana. Nagisa decide que Haruka y Makoto vuelvan a nadar juntas y agrega un nuevo recluta llamado Rei para formar el Iwatobi High School Swimming Club.

Reality and fantasy seem to be breaking down for student Kyo Sogoru. Is he really a smart but unpopular swim enthusiast at Maihama High School, or is he a pilot of a giant robot in a war-devastated world? Which life is real and which is fantasy?

Higashigaoka High School’s male swimming club presently has only three second-year members – leader Sakaki Shuhei, Shinozuka Daiki and Koganei Haruyoshi. They welcome the new school year with the aim of getting members.