Saya es una estudiante que lleva una vida tranquila con su familia, con una excepción: ella no recuerda nada acerca de su vida anterior al último año. Un día, un inesperado evento transforma su pacífica vida en una aventura caótica. Un apuesto músico que viste de negro se aparece ante ella, su nombre es Haji. En el momento en que pone en sus manos una katana, la historia comienza un nuevo curso.
Un señor samurai ha regalado los órganos de su hijo recién nacido a cuarenta y ocho demonios a cambio del dominio en el campo de batalla. Sin embargo, el niño abandonado sobrevive gracias a un curandero que lo equipa con prótesis primitivas, letales con las que el hijo maltratado usará para cazar a la multitud de demonios para reclamar su cuerpo pieza por pieza, antes de enfrentarse a su padre. En sus viajes, el joven héroe se encuentra con un huérfano que dice ser el ladrón más grande de Japón.
Gosick se sitúa en 1924 en un ficticio país europeo llamado Saubure. La historia se centra en Kazuya Kujo, el tercer hijo de un soldado imperial japonés, quien es un estudiante de intercambio que llega a la Academia Santa Margarita, donde las leyendas urbanas e historias de terror están a la orden del día. Allí conoce a Victorique, una misteriosa y bella joven que nunca asiste a las clases y pasa sus días leyendo libros en la biblioteca de la escuela o resolviendo los misterios que Grevil, su hermano, no puede resolver. La serie se centra principalmente en Kazuya y Victorique que tratan de resolver diferentes casos misteriosos.
Katsuhira Agata es un adolescente tranquilo y reservado cuyo sentido del dolor ha desaparecido. Su amigo, Chidori Takashiro, sólo puede recordar vagamente los días antes de Katsuhira había sufrido este cambio profundo. Ahora, su comportamiento amortiguado y complaciente a hacer Katsuhira un objetivo constante para los agresores, quienes lo explotan por sumas de dinero graves. Pero sus puños apenas se las arreglan para hacer de él un abrir y cerrar, ya que incluso las emociones están muy lejos de su alcance.
Sin embargo, un día Katsuhira, Chidori, y otros cuatro adolescentes son secuestrados y obligados a unirse al Sistema Kizuna como oficiales "Kiznaivers." Los participantes están conectados a través del dolor: si un miembro se lesiona, los otros sentirán una cantidad igual de agonía. Estos individuos deben convertirse en las ratas de laboratorio y cabezas de turco de un sistema incompleto diseñado con la paz mundial en mente. Con sus destinos entrelazados, literalmente, los Kiznaivers debe exponer su verdadero ser el uno al otro, o el riesgo de no mucho más que el Sistema Kizuna.
La historia trata de Shichika Yasuri, séptima cabeza generacional de la escuela de artes marciales Kyotô-ryû en el Japón medieval. Tanto él como su pequeña hermana Nanami viven en una isla solitaria hasta que un consejero militar de nombre Togame les habla sobre las 12 espadas legendarias que han sido forjadas. Como resultado, Sichika se embarca en una aventura en busca de dichas espadas.