어릴 적 자신을 구해준 왕자님을 동경해 자신도 왕자님이 되기를 바라는 소녀 텐죠 우테나는 오토리 학원에 입학하여 '장미의 신부'라고 불리는 소녀 히메미야 안시와 만나게 된다. 약혼자에게 '영원'에 이르는 '세계를 혁명할 힘'을 부여하는 '장미의 신부'를 걸고 싸워나가는 학생회 임원(듀얼리스트)들은 우테나가 이전에 왕자님으로부터 받은 반지와 같은 '장미의 각인'이라 불리는 반지를 가지고 있었다. 우테나도 또한 이 결투 게임에 말려들어 그 배후에 있는 '세계의 끝'을 쫓는다..

무대는 아사쿠사. 중학교 2학년인 야사카 카즈키, 쿠지 토오이, 진나이 엔타는 어느 날 캇파처럼 생긴 생물인 켓피와 만나게 된다. 그리고 켓피에게 강제로 시리코다마를 뺏기는 바람에 캇파로 변해버린 세 사람. 원래 모습으로 돌아가기 위해서는 카파 좀비의 시리코다마를 빼앗아야 한다! 한편, 니이보시 레오와 아쿠츠 마부가 근무하는 파출소에서도 무언가가 일어나고 있는데!