Tudo começa com Tenjou Utena, de 14 anos, que saiu correndo pela rua no meio da chuva se sentindo triste e solitária, até que um príncipe se aproxima dela e dá-lhe um anel com um símbolo da rosa. Ele diz que esse anel fará com que eles se encontrem novamente. Encantado com o príncipe no qual ela só se lembra do cheiro das rosas, Utena volta a Academia Ootori. Para defender a honra de uma amiga, que teve uma carta de amor descoberta pela escola inteira, Utena desafia Saionji para um duelo na floresta atrás da escola. Utena vai ao local combinado e descobre um mundo totalmente diferente dentro da floresta. Lá ela encontra um enorme portão com o símbolo da rosa igual ao seu anel. Percorrendo todo o trajeto além do portão, ela chega até a Arena dos Duelos e lá, ela encontra Saioji com uma menina da escola, Himemiya Anthy. Utena acaba vencendo Saioji e vai embora, sem querer saber em que se envolveu. Só que, como vencedora do torneio, ela é agora a consorte da "Noiva da Rosa", no caso Anthy, que vai morar com ela! A partir daí começa toda a confusão.

Um dia, em Asakusa, três estudantes do fundamental – Kazuki Yasaka, Toi Kuji e Enta Jinnai – conhecem Keppi, um misterioso kappa que rouba suas jóias místicas e os transforma em kappas. Para voltar para sua forma original, eles precisam enfrentar kappas zumbis e roubar as jóias místicas deles. Será que os garotos conseguirão estabelecer laços entre si para roubar as jóias dos zumbis? Ao mesmo tempo, algo estranho está acontecendo na delegacia onde trabalham Reo Niiboshi e Mabu Akutsu. Esta é a história de três garotos que não conseguem se conectar com alguém que lhes é importante, e estão aprendendo o verdadeiro significado dessas conexões.