New York 1976. King Kong gît au pied du World Trade Center. Il n'est pas mort et une équipe de médecins et chercheurs de l'Institut d'Atlanta le recueille et rétablit ses fonctions biologiques. Seulement Kong donne des signes de faiblesse et l'implantation d'un coeur artificiel s'impose. C'est alors qu'un aventurier, Hank Mitchell, découvre, dans la jungle de Bornéo, un gigantesque gorille femelle, Lady Kong qu'il revend à l'Institut.

Lorsqu'une station d'exploitation spatiale découvre une énorme empreinte d'alien sur une planète distante, la colonie pense avoir trouvé la preuve de l'existence de Dieu. Mais bientôt, plusieurs membres de la colonie sont victimes de symptômes de la depression extrême - le seul remède, c'est de rapprocher de la Marque.Une ferveur religieuse s'empare alors de la population et aboutit à un suicide collectif. La sécurité de la planète décide alors de supprimer la Marque, et demande au vaisseau USG Ishimura de l'emmener pour l'étudier.