Le seigneur Tokugawa Ieyasu, dans l'incapacité de décider de son héritier parmi ses deux fils, va se livrer à un concours atypique pour les départager : demander aux deux puissants clans ninja, Koga et Iga, chacun représentant l'un de ses fils, de s'affronter jusqu'à la mort. Les deux chefs de clans, rivaux mais liés par un pacte de non-agression, sont ravis de cette nouvelle et se préparent à une grande guerre entre ninjas. Problème, les héritiers de chaque clan, Gennosuka de Koga et Oboro d'Iga s'aiment d'un amour profond et souhaitent se marier. Commence alors la plus amère et la plus dramatique des batailles.
Il y a 400 ans, le clan ninja et le corps armé Yôkai se livrèrent une grande guerre. Le légendaire Sasuke Sarutobi et quatre autres ninjas défirent le Commander Nurahiyon et enfermèrent les autres yôkais dans une cave. Mais un jour, Kappa, l'unique survivant du corps armé Yôkai, combattit les descendants de Sasuke Sarutobi et de Saizo Kirigakure. Ceux-ci ouvrirent malencontreusement la cave, et libérèrent le corps armé Yôkai. Ils furent bientôt rejoint par trois autres descendants du grand ninja, et se mirent à combattre le corps armé Yôkai en tant que Kaku Rangers.
Certains éléments et scènes de la sérié furent utilisée par Haim Saban pour produire la troisième saison de la série américaine Power Rangers (et son spin-off, Alien Rangers).
Shinobu est une ninja naïve en formation. Afin de tester ses capacités de ninja, elle doit voler les culottes de toutes les lycéennes. La première maison où elle s'arrête est celle de Kaede Shiranui, qui surprend Shinobu en flagrant délit. Kaeda est la voix de la raison et les deux filles deviennent rapidement amies, malgré une balle ronde jaune qui prétend être un maître ninja et qui tente d'entraver leur amitié.
Nous suivons le quotidien de la lycéenne Momo avec ses cinq autres amies, qui travaillent pour Tsukikage, une agence de renseignement ayant pour but de maintenir la paix dans la ville Sorasaki.
A l'époque Edo, les samurais étaient respectés de tous, mais la venue des Amanto (aliens) ont entrainés la déchéance des samurais avec l'interdiction du port de l'épée. Mais un jeune garcon du nom de Sataka Gintoki décide de vivre à sa manière en devenant un freelancer (personne qui accepte des petit boulots pour rendre service). Accompagné de ses deux amis Kagura et Shinpachi, il vivent et se battent en tant que hors-la-loi.
Transformés en ninjas, les amis Wesley et Georgie accompagnés de Bretzel, leur drôle de chat, s'aventurent dans un monde magique pour résoudre tous les problèmes.