Il clan ninja di Iga e Koga condividono una lunga tradizione di odio reciproco e il solo motivo per il quale attualmente non sono impegnati in una sanguinaria faida è l'imposizione, da parte dello shogunato, di un patto di non aggressione. Gli eventi narrati hanno origine diversi anni prima quando, in mezzo a tanto odio, inaspettatamente nasce un sentimento d'amore tra due giovani. Il loro sogno dura poco: gli eventi precipitano e i due saranno costretti a vivere separati, divisi dal loro scomodo ruolo e dall'odio provocato da una nuova insensata guerra, guidando i rispettivi clan.
It's been a long time since the great war between the Three God Generals and the Youkais, an ancient race of monstrous spirits. Since then, imprisoned in a cave protected by the mystical Seal Door, their leader Daimaou and his Youkai army wait, planning for the day they can finally strike. That day has arrived and it is up to the Kakurangers, along with the Three God Generals, to defeat the Youkais, before Daimaou's villainy destroys Earth!
Shinobu is a naive ninja-in-training. In order to test her ninja abilites, she must steal the panties of all the high school girls. The first house she stops at is the abode of one Kaede Shiranui, who happens to catch Shinobu in the act. Kaeda is the voice of reason and the two girls become quick friends, despite a round yellow ball-thing who claims to be a ninja master and tries to get in the way of their friendship.
La storia segue le vicende di sei giovani ragazze liceali, tra cui Momo, che lavorano per l'agenzia privata di intelligence Tsukikage, che protegge la città e i suoi abitanti grazie all'utilizzo di speciali spezie capaci di migliorare le loro abilità fisiche. Sotto la tutela dell'anziana Yuki e di altri loro amici, cercheranno di mantenere la pace all'interno della città.
La storia ha luogo nel Giappone del periodo Edo dopo che gli Amanto, un insieme di razze aliene provenienti da diversi pianeti, hanno invaso la terra proibendo l'uso della spada e causando così la progressiva caduta dell'epoca dei samurai. Una delle poche persone che possiedono ancora l'anima e la forza dei samurai è Gintoki Sakata, il capo di un agenzia tuttofare composta anche da Shinpachi Shimura e una ragazza aliena di nome Kagura.
La serie è composta prevalentemente da episodi autoconclusivi, alcuni dei quali contenenti anche parodie di personaggi e situazioni di altri manga o anime.
Assieme al loro gatto Pretzel, Wesley e Georgie si trasformano in ninja ed entrano in un mondo magico dove risolvono problemi e sistemano ogni cosa.