Yuki Yuna ist ein gewöhnliches Mädchen im zweiten Jahr der Mittelschule. Sie steht morgens auf, geht zur Schule und nimmt an Clubaktivitäten teil. Doch etwas ist besonders an ihr: Sie ist Mitglied des "Heldenclubs". Bald schon müssen sie und die anderen Clubmitglieder gegen mysteriöse Wesen antreten und ihre Gesundheit bei den Kämpfen aufs Spiel setzen. Was hat es mit diesen Wesen auf sich und wer hat die App erschaffen, die den Mädchen ihre Fähigkeiten verleihen? Im Jahr 300, der Ära der Götter, begeben sie sich auf die Suche nach Antworten.

Cocona ist eine fleißige Mittelschülerin, aber eher schüchtern. Nur schwer traut sie sich an neue Erfahrungen heran. Da erscheint plötzlich das quirlige Mädchen Papika vor ihr und nimmt sie mit auf die Suche nach der „Scherbe von Mimi“, einem Kristall, der Wünsche erfüllen soll. Eine magische Reise durch die Welt „Pure Illusion“ beginnt...

Nachdem die junge Schülerin Madoka Kaname eines Morgens von ihrem kleinen Bruder aus einem merkwürdigen Traum gerissen wird, geht sie wie gewöhnlich mit ihren Freundinnen zur Schule. Dort stellt sie jedoch fest, dass das Mädchen, das ihr kurz zuvor im Traum begegnete, ihre neue Mitschülerin Homura Akemi ist. Als sie am Nachmittag mit ihrer Freundin Sayaka Miki in einen Musikladen geht, hört sie plötzlich eine um Hilfe bittende Stimme. Als sie der Stimme folgt, findet sie ein verwundetes, magisches Wesen namens Kyubey, das von der neuen Mitschülerin gejagt wurde. Als sie Homura das magische Wesen nicht übergeben will, schlittert Madoka nach und nach weiter in mysteriöse Parallelwelten, in denen Magical Girls gegen böse Hexen kämpfen. Werden sich Madoka und ihre Freundin Sayaka an den Rat ihrer Beschützerin halten und darauf verzichten, ebenfalls Magical Girls zu werden, oder entgegen der Empfehlung das verlockende Angebot annehmen?