Durant l'ère divine, Yûna Yûki est une élève de quatrième au collège Sanshû. Elle participe activement au club des héros où elle passe des jours paisibles en compagnie de ses trois amies, jusqu'à ce qu'elle soit confrontée à des êtres étranges appelés « Vertex »…

Flip Flappers se centre sur deux adolescentes dont la rencontre va tout bouleverser. En effet, Papika et Cocona vont se retrouver dans une autre dimension se nommant "Pure Illusion" où elles devront partir à la recherche d'un mystérieux cristal appelé "Shard of Mimi", permettant à son détenteur de réaliser n'importe quel vœu. Alors qu'elles se retrouvent en grave danger, l'éclat de Mimi brille et permet aux deux filles de se transformer en magical girl.

Madoka Kaname mène une vie paisible au collège Mitakihara en compagnie de ses amies Sayaka Miki et Hitomi.

Un jour de cours, une nouvelle élève est transférée dans la classe de Madoka et ses amies. Elle se prénomme Homura Akemi.

Peu de temps après, Madoka tombe nez à nez avec une créature se faisant appeler Kyuubey fuyant Homura, usant de pouvoirs pour la détruire.

Madoka ne se doute pas que cette rencontre va chambouler sa vie paisible…