Jason Bourne hittas medvetslös med två kulor i ryggen. Han överlever, men har förlorat minnet. Det blir snart uppenbart att han måste ta reda på vem han är för att överleva. Bourne jagas av lönnmördare och kämpar mot klockan, och upptäcker snart att även han har en tydlig talang för mord.
En gammal prickskytt som nu lever ett eremitliknande liv i vildmarkan blir indragen till civilisationen igen efter att ha fått reda på en sammansvärjning att mörda presidenten. Efter att ha blivit lurad och nu jagas för mordförsöket ger han sig iväg för att finna den riktige mördaren och för att få reda på vem som satte honom i fällan och varför.
Allt han ville var att försvinna. Istället jagas Jason Bourne av människorna som gjorde honom till den han är. Han har förlorat både sitt minne och den han älskade mest. Nu kan inte ens en ny generation av yrkesmördare och deras vapen avskräcka honom att finna svaret på gåtan: vem han en gång var.
Den 4 november 1979, när den iranska revolutionen pågår för fullt, stormar iransk militär USAs ambassad i Teheran och tar 52 amerikaner som gisslan. Mitt i kaoset lyckas sex amerikaner fly och gömma sig i kanadensiska ambassadörens hem. Med vetskapen om att det bara är en tidsfråga innan militären hittar och troligen avrättar dem så kommer CIA-specialisten Tony Mendez med en riskfylld plan för att föra dem oskadda ut ur Iran.
CIA håller på att slutföra en hemlig operation i den undre världen för att stoppa en livsfarlig kärnvapenterrorist. Plötsligt går något väldigt snett och agenten Kevin Pope dör. För att slutföra uppdraget kontaktar CIA Kevins tvillingbror, småfifflaren Jake Hayes. Jake har ingen aning om att han haft en tvillingbror. Ännu mindre att denne var CIA-agent. Nu tvingas han motvilligt lämna sitt liv och på bara nio dagar ta över sin döde brors sofistikerade roll. Men det enda Jake har gemensamt med sin bror är utseendet.
Cross is an old hand at the CIA who often teams up with Frenchman Jean “Scorpio” Laurier, a gifted freelance operative. After their last mission together, the CIA orders Scorpio to eliminate Cross, leaving him no choice but to obey.