故事發生於1889年巴黎萬國博覽會，在艾菲爾鐵塔上相遇的擁有神秘藍寶石的馬戲團少女娜迪亞和愛好飛機和發明的少年約翰兩人，以及娜迪亞的好友－－小獅子小獅王的故事。

娜迪亞和約翰從覬覦她所持寶石的葛蘭蒂斯一行人逃跑，並開始了尋找娜迪亞的尋找故鄉之旅。途中，他們巧遇邪惡組織「尼奧亞特蘭帝國」（或譯新亞特蘭帝國）的總統卡格伊所占據的島嶼上倖存的少女瑪莉。但是，娜迪亞、瑪莉和小獅王被卡格伊拐走。為了拯救他們，約翰和葛蘭蒂斯三人組聯手，並且和萬能潛水艇鸚鵡螺號及尼莫船長等人相遇，最終還被捲入了和卡格伊的戰鬥。

本作品的主要構成是以傳說中的擁有超古代文明的大陸帝國─亞特蘭蒂斯帝國為主軸，第一部為鸚鵡螺號和尼奧亞特蘭雙方使用從前亞特蘭蒂斯人所造之先進機械來進行海底及空中戰爭，但第二部 為無人島悠閒生活的故事和在非洲發生的趣事，第三部彷彿宇宙戰艦大和號般的新鸚鵡螺號和尼奧亞特蘭的宇宙戰爭。

一個看似個小鬼頭的酒館老闆，加上一隻會說話的豬‧霍克與他的移動店面，開始了酒吧兼情報收集站的生活，卻因緣際會遇到穿著盔甲的美少女‧伊麗莎白。身為公主的伊麗莎白，是為了拯救王國而踏上尋找「七大罪」的旅程，希望能藉此對抗號稱王國守護者、卻發動叛變並對百姓們殘酷壓榨的聖騎士。一段足以改變世界樣貌的驚心動魄冒險，無比痛快的英雄科幻冒險故事就此開幕。

A historical fantasy set in third century (i.e., mythical) Japan. It tells the story of Izumo, the young prince of Nakatsukuni. He's not very interested in studying, unlike his cousin Dekiru; instead, he wants to see the wider world. One day, a mysterious girl named Sanae shows up as a stowaway on an airship. Although nominally from Yamataikoku, she is actually from the Naga, a shadowy people possessing magical powers. Sanae is kidnapped by Takeru, a warrior from the rival kingdom of Akusa, and placed at the mercy of the evil witch Yomihime. Izumo, helped by an orphaned glider pilot named Navi, must now take up the sacred sword of his country, master its powers, and rescue Sanae. However, before that, he must defeat the reawakened eight-headed snake of legend, Yamata-no-Orochi.