Niemand weiß woher sie kamen - aber plötzlich waren sie mitten unter uns, die Zoanoids - Super Monster Soldiers aus einer anderen Welt. Bei seinen Nachforschungen stößt CIA-Agent Reed auf einen geheimnisvollen Plan zur Auslöschung der menschlichen Rasse. Die Spur führt zu dem exzentrischen Milliardär Balcus der in den Labors deiner "Chronos Corporation" makabere biogenetische Experimente durchführen läßt. Die einzige Chance der Freaks Herr zu werden ist der Guyver - ein High Tech Instrument das seinem Träger überirdische Kräfte verleiht. Doch der Gyuver ist verschwunden. Wenn er in die falschen Hände gerät ist alles verloren.

Sho und sein Freund Tetsurou finden zufällig ein seltsames Alien-Artefakt im Wald. Als sie es näher untersuchen, bricht es plötzlich aus seinen metallischen Fesseln aus und dringt in Shos Körper ein. Er verwandelt sich daraufhin in den Guyver, ausgestattet mit besonderen Kräften, aber auch gejagt von der Chronos Corporation, die den Guyver unbedingt wieder zurück in ihre Laboratorien holen wollen. Somit ist niemand mehr sicher, der Sho nahesteht und er ist gezwungen gegen Chronos und die genetisch verbesserten Zoanoiden in den Kampf zu ziehen …